Учебный сайт Полины Байкузиной

Базы последовательностей белков

На этой странице представлена информация о записях в различных базах данных о НАД-зависимой эпимеразе-дегидратазе бактерии Desulfurococcus kamchatkensis.

Задание 1.

Таблица 1. Идентификаторы белка NAD-dependent epimerase/dehydratase бактерии Desulfurococcus kamchatkensis в различных базах данных.

Ссылки на записи белка в БД:

Запись белка в Uniprot

Запись белка в RefSeq

Задание 2. История изменений записи Uniprot.

• Первая запись была сделана 2009-03-03, последняя (29) - 2015-02-04.
• Изменился идентификатор записи в базе Uiprot. Добавился новый штамм археи:

  

• Изменена запись о последовательности, доббавлена запись о номере публикации; изменены 2 записи о названии публикации, 1 запись о журнале:

  

• Добавлено 18 новых ссылок на другие базы данных. Добавлены новые ключевые слова и ссылки на источники:

  

  Задание 3.Сравнение записей гомологов.

  В кластере изучаемого белка в базе данных UniRef50 находятся 86 белков. Для сравнения белка с гомологичными белками были выбраны 4 записи из кластера. При анализе сравнивались функции, особенности длина белка, наличие записи в PDB.

  • Проверенным экспериментально является только белок гомолога, по которому был произведен поиск остальных гомологов, последовательность остальных предсказана по аминокислотной последовательности.
  • Длина белка примерно одинакова у всех гомологов.
  • Функции и особенности ни у одной записи не определены.
  • PDB есть только для Pyrobaculum calidifontis (strain JCM 11548 / VA1)

    Таблица

    Задание 4. Feature Table

    В строках FT указаны специфические особенности белка. На примере белка формиатдегидрогеназы (Formate dehydrogenase) из бактерии Escherichia coli (strain K12) показано такое явление, как наличие селеноцистеина в последовательности белка. (Идентификатор - P24183 - FDNG_ECOLI)

    FT NON_STD 196 196 Selenocysteine.