Поиск в базах данных
Упражнения:
UniProt
1. Код референсного протеома бактерии Brucella abortus: UP000002719
PubMed
5. Статья Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans":
запрос: (((Blumenthal[Author]) AND trans-splicing[Title]) AND operons[Title])
AND C.elegans[Title]
количество находок: 3
PMID: 23175478
Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин
Селеноцистеин (сокращённо Sec или U, в старых публикациях также Se-Cys) — 21-я
протеиногенная аминокислота, аналог цистеина с заменой атоа серы на
атом селена (то есть серосодержащая тиольная группа заменена на селеносодержащую тиольную группу).
 Рис.1. Селеноцистеин
- Запросы к БД uniprot: keyword:selenocysteine AND reviewed:yes. Было выдано 255 записей.
Окончательный запрос: annotation:(type:non_std selenocysteine). Было выдано 254 записи.
Чтобы посмотреть какой файл лишний, был сделан запрос:
keyword:selenocysteine NOT annotation:(type:non_std selenocysteine) AND reviewed:yes.
Выяснилось, что в последовательности данного белка селеноцистеина нет.
SQ SEQUENCE 35 AA; 3839 MW; 202A6F4B6A1D0675 CRC64;
MIRVVHYIKE FFANIGGEEM AHVAPEVREG VVGPG
Таблица 1.Список белков, содержащих селеноцистеин
- В результате анализа полученной таблицы выяснено, что белки, содержащие селеноцистеин,
встречаются у представителей всех трех доменов: Archaea, Bacteria, Eucaryota (царства:
Metazoa, Viridiplantae, Mycetozoa. Так же встречаются у вирусов, например, у Molluscum contagiosum
virus subtype 1 (MOCV) (белок глутатионпероксидаза (EC 1.11.1.9), защищающий организм от окислительного
повреждения).
- Белки, содержащие один или более остатков селеноцистеина, называются селенопротеинами.
- Селеноцистеин кодируется кодоном UGA, который является одним из трех терминальных кодонов.
Кодон UGA кодирует селеноцистеин, если в мРНК присутствует последовательность вставки селеноцистеина
(SECIS).[1] SECIS располагается в 3'-нетранслируемой области (3' untranslated region) (у эукариот) и может заставлять
несколько кодонов UGA кодировать селеноцистеин.
В отличие от стандартных 20 аминокислот, селеноцистеин биосинтезируется из серина на его тРНК.
- Таблица 2. Список публикаций
Запрос к PubMed: (selenocysteine[Title/Abstract]) AND translation[Title/Abstract]. В результате
выдано 205 файлов; с учетом фильтров Review и Free full text - 10 статей.
- Запрос к PDB: при работе с Таблицей 1 структуры pdb были найдены у 23 белков (всего
структур оказалось 44). При первом поиске PDB (использовала Advanced Search, Chemical Name:
selenocysteine, Polymeric type: Any) было выдано 39 структур. Некоторые идентификаторы не совпали
с полученными в таблице 1. Затем искала в Advanced search по PDB ID структурам, бывшим в таблице Uniprot.
Было выдано 42 структуры (Query Parameters: Simple query for a list of PDB IDs (44 IDs) : 1AA6,1CC1,1FDI,
1FDO,1GP1,1H0H,1H6V,1KQF,1KQG,1W1C...)
Таблица 3. PDB-структуры белков
- Заболевания, связанные с селенопротеинами.
Глутатионпероксидаза-1 (GPX-1) является внутриклеточным антиоксидантом, ферментом, который
уменьшает количество перекиси водорода, чтобы ограничить его вредное воздействие.
Некоторые активные формы кислорода, такие как перекись водорода, имеют важное значение для фактор
роста-опосредованной сигнальной трансдукции, функции митохондрий, а также поддержание нормального
тиол редокс-баланса. Таким образом, ограничивая накопление пероксида водорода, GPX-1
также модулирует эти процессы. GPX-1 участвует в развитии и профилактики многих распространенных и
сложных заболеваний, включая рак и сердечно-сосудистых заболеваний [3].
Ссылки:
[1] Kurokawa S, Berry MJ. Selenium. Role of the essential
metalloid in health.
[2] Lobanov AV, Turanov AA, Hatfield DL, Gladyshev VN.
Dual functions of codons in the genetic code.
[3] Lubos E, Loscalzo J, Handy DE.
Glutathione peroxidase-1 in health and disease: from molecular mechanisms to therapeutic opportunities.
© Полина Байкузина, 2014
|