Учебный сайт Полины Байкузиной

Эволюционные домены

Задание 1. Построить выравнивание представителей домена Pfam белков с разной доменной архитектурой.

Описание выбранного домена из Pfam:

• Транскрипционный фактор S-II, центральный домен;
• ID: TFIIS_M;
• AC: PF07500;
• Функция домена: регулирует элонгацию транскрипции.

Ссылка на страницу домена в Pfam

Список доменных архитектур с выбранным доменом

Выравнивание в формате fasta семейства доменов

Проект Jalview

Описание выбранных доменных архитектур

Архитектура 1: 499 последовательностей

Домены: Med26, TFIIS_M, TFIIS_C

Архитектура 2: 120 последовательностей

Домены: TFIIS_M, SPOC

Описание выбранного таксона

В качестве таксона выбран Eukaryota. В качестве подтаксонов были выбраны Viridiplantae и Metazoa.

Файл Excel содержит сводную таблицу с информацией о доменной архитектуре и таксономии (лист "Сводная таблица").

Затем нужно было выбрать около 20 представителей каждого подтаксона с каждой доменной архитектурой. Результат: лист "выбранные 20" файла Excel и проект JalView, содержащий выравнивания 4 групп последовательностей исходного домена (группы по подтаксонам и доменным архитектурам). В выравниваниях - раскраска ClustalX с порогом консервативности 20 % во всех группах. Предварительно из выравнивания были удалены пара последовательностей, которые были выровнены сильно хуже других. N- и C-концевые участки были удалены, поскольку там не было хорошего выравнивания.

Задание 2. Построить филогенетическое дерево последовательностей домена.

По полученному выравниванию в программе MEGA было построено филогенетическое дерево последовательностей методом максимального правдоподобия. На Рис.1 - изображение данного дерева с выделенными группами. Скобочная формула по ссылке.

Внутри разделения по доменной архитектуре дерево хорошо разбивается на клады.

Задание 3. Построить профиль подсемейства и охарактеризовать качество его работы.

Для подсемейства 2_V был построен HMM-профиль (ссылка).

На основе результатов поиска был получен файл Excel (на листе "Данные" содержатся данные об E-value для каждой находки и столбец с правильными находками (столбец "Результаты работы программы"). На основе этих данных была построена ROC-кривая (Рис.2).

ROC-кривая получилась очень крутая. По ней был выбран порог 1,30E-26.

HMM-профиль можно использовать для выделения подсемейства.