Учебный сайт Полины Байкузиной

Укоренение и бутстрэп

Задание 1. Укоренение в среднюю точку

Выбранные представители

На рис.2 и 3 представлены филогенетические деревья, реконструированные по семейству белков. Для этого был выбран белок фактор элонгации трансляции Ts. Затем в программе Jalview было построено выравнивание, и было реконструировано дерево с помощью метода Neighbor Joining Using % Identity.

Данный метод строит неукоренненые деревья, как видно из рис.2. В данном дереве можно найти отличие от дерева, построенного с помощью программы MEGA: листья YERPE и PROMH образуют отдельную кладу.

На рис.3 представлено дерево выбранных организмов, для которого было выполнено укоренение в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Полученное укоренение совпадает с укоренением дерева, полученного с помощью программы MEGA.