Учебный сайт Полины Байкузиной

Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG

Задание 1. Работа с KEGG ORTHOLOGY

Для работы был выбран метаболический путь биосинтеза лизина.

Была выбрана реакция превращения 5-аденил-2-аминоадипата в α-аминоадипоил-S-ацил энзим (R04863).

Реакцию катализируют 2 ортологических ряда белков:

• K00143
  • Количество последовательностей: 102
  • Ссылка на страницу ряда К00143
• K14085
  • Количество последовательностей: 111
  • Ссылка на страницу ряда К14085

Для полученных последовательностей было сделано множественное выравнивание с помощью программы Muscle. Проект Jalview.

Белки из двух ортологических рядов очень плохо выровнены между собой. К тому же длина белков второго ряда в 3 раза меньше длины белков из первого ряда. На основании полученного выравнивания можно предположить, что белки не гомологичны.

При проверке выравнивани белков, которые были бы очень плохо выровнены с остальными, обнаружено не было. В обоих рядах встретились короткие белки с большим количеством гэпов там, где в других последовательностях выравнивания консервативные колонки. Было найдено около 10 таких белков, которые затем были удалены из выравнивания (окно clean в проекте Jalview).

Так как белки не гомологичны, то смысла строить дерево нет.