Gene Ontology
Задание 1. Отнесение белка НАД-зависимой эпимеразы-дегидратазы (NAD-dependent epimerase/dehydratase) из Desulfurococcus
kamchatkensis к терминам GO.
В данном задании требовалось отнести белок НАД-зависимую эпимеразу-дегидратазу (
1 семестр) к терминам GO. Для этого с помощью инструмента AmiGO
поиском BLAST был проведен поиск белка, наиболее похожего на мой.
Лучшая из находок имеет E-value 4.5e-66 и принадлежит к семейству НАД-зависимых эпимераз-дегидратаз (NAD-dependent
epimerase/dehydratase family protein) из организма Dehalococcoides mccartyi 195 (Рис.1).
Рис.1. Результаты поиска BLAST. Красным цветом отмечена лучшая находка.
На рис.2 представлено выравнивание белков, которое можно считать хорошим (Identities 46%, Positives 64%), учитывая тот факт, что
организмы относятся к разным доменам.
Таксономическое положение Desulfurococcus kamchatkensis 1221n:
- cellular organisms; Archaea; TACK group; Crenarchaeota; Thermoprotei; Desulfurococcales; Desulfurococcaceae; Desulfurococcus;
Desulfurococcus kamchatkensis
Таксономическое положение Dehalococcoides mccartyi 195:
- cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Chloroflexi; Dehalococcoidia; Dehalococcoidales; Dehalococcoidaceae; Dehalococcoides;
Dehalococcoides mccartyi
Рис.2. Выравнивание белков.
Далее я перешла на страницу с терминами GO, относящимися к белку-находке. Информация о терминах GO представлена в таблице 1.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3Z9Z7 (Q3Z9Z7_DEHM1).
| Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) |
GO:0009225 |
nucleotide-sugar metabolic process |
метаболизм нуклеотидных сахаров |
ISS |
| Биологический процесс (Biological process) |
GO:0009243 |
O antigen biosynthetic process |
процесс биосинтеза О-антигена |
ISS |
| Молекулярная функция(molecular function) |
GO:0003824 |
catalytic activity |
каталитическая активность |
ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
| ISS |
Inferred from Sequence or structural Similarity |
Данный код присваивается в случае, когда анализ последовательности был проведен человеком вручную и в результате
были получены доказательства достоверности отнесения объекта к терминам GO. ISS присваивается только тогда, когда анализ проводится несколькими
разными методами. В противном случае, присваивается код типа достоверности одной из подкатегорий: ISA (подтверждение путем анализа выравнивания),
ISO (подтвердение путем сравнения с ортологом), ISM (подтверждение путем моделирования последовательности). |
Задание 2. Описание термина GO:0009243 (O antigen biosynthetic process, процесс биосинтеза О-антигена)
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0009243 (O antigen biosynthetic process, процесс биосинтеза О-антигена)
| Свойство |
Значение |
| Идентификатор (Accession) |
GO:0009243 |
| Название (Name) |
O antigen biosynthetic process (процесс биосинтеза О-антигена) |
| Аспект онтологии (Ontology) |
Biological Process |
| Синонимы (Synonyms) |
O antigen anabolism (анаболизм О-антигена)
O antigen biosynthesis (биосинтез О-антигена)
O antigen formation (образование О-антигена)
O antigen synthesis (синтез О-антигена) |
| Определение (Definition) |
Химические реакции и пути, в результате которых образуется боковая цепь (О) липополисахарида, которая определяет антигенную
специфичность организма. Она состоит из около 50 повторяющихся звеньев разветвленного тетрасахарида. |
| Комментарий (Comment) |
Нет |
| Число родителей (из них - логически определенных) |
35(32) |
| Число потомков (из них - логически определенных) |
0(0) |
На рис.3 представлен граф, отображающий отношения термина с родителями. Внизу графа находится сам термин, наверху - главный
родитель (аспект онтологии). Все стрелки идут от детей к родителям. В основном, все отношения представлены типом " is a", но с одним из прямых родителей
отношение типа "part of". Из рисунка видно, что у термина 3 прямых родителя, а остальные определены логически.
Рис.3. Граф, изображающий отношения термина биосинтеза О-антигена (O antigen biosynthetic process) с родителями.
Черные стрелки обозначают отношение "is a", синяя стрелка - отношение "part of".
|