Учебный сайт Полины Байкузиной

Главная Семестры О себе Ссылки

Построение и визуализация электронной плотности

Для работы был выбран белок УДФ-галактозо-4-эпимераза (GalE) из археи Pyrobaculum calidifontis JCM 11548, идентификатор PDB 3KO8. Разрешение структуры 1.8Å. С помощью PDBeFold было найдено 419 структурно схожих белков, среди которых 174 с RMSD от 0.8 до 3.0Å и N_align 50 - 90%.

Статья, сопровождающая помещение структуры в банк PDB, PMID: 21645492

Визуализация электронной плотности остова.

На рисунках 1-3 представлена визуализация электронной плотности остова полипептидной цепи GalE при различных уровнях подрезки.

Рис.1. Электронная плотность остовной цепи GalE с уровнем подрезки 0.5.

Рис.2. Электронная плотность остовной цепи GalE с уровнем подрезки 1.5.

Рис.3. Электронная плотность остовной цепи GalE с уровнем подрезки 2.5.

Заметно, что при повышении уровня подрезки не все атомы оказываются внутри поверхности электронной плотности.

Построение ЭП вокруг трех различных аминокислотных остатков.

Были построены изображения электронной плотности для трех аминокислотных остатков: PRO 43, MET 147, TYR 275. Уровни подрезки ЭП от 0.5 до 2.5.

Рис.4. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка PRO 43. Уровень подрезки 0.5.

Рис.5. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка PRO 43. Уровень подрезки 1.5.

Рис.6. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка PRO 43. Уровень подрезки 2.5.

Рис.7. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка MET 147. Уровень подрезки 0.5.

Рис.8. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка MET 147. Уровень подрезки 1.5.

Рис.9. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка MET 147. Уровень подрезки 2.5.

Рис.10. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка TYR 275. Уровень подрезки 0.5.

Рис.11. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка TYR 275. Уровень подрезки 1.5.

Рис.12. Электронная плотность вокруг аминокислотного остатка TYR 275. Уровень подрезки 2.5.

Из рисунков видно, что для данных аминокислотных остатков можно вполне определить тип аминокислоты и положение групп атомов по распределению электронной плотности, но разрешение структуры 3KO8 не является достаточным, чтобы наблюдать отдельные атомы.

© Полина Байкузина, 2017