Учебный сайт Полины Байкузиной

Главная Семестры О себе Ссылки

Определение вторичной структуры

Для предсказания вторичной структуры белка GalE (PDB 3KO8) была использована программа DSSP. С выдачей программы можно ознакомиться по ссылке.

На рис. 1 представлена структура белка GalE, раскрашенная по вторичной структуре.

Рис. 1. Структура GalE (3KO8), раскраска по вторичной структуре: красный - α-спирали, желтый - β-тяжи, зеленый - петли.

Для сравнения результатов предсказания с информацией из PDB-файла были выбраны 2 α-спирали и 2 β-тяжа (таблица 1). На рис.2 выделены выбранные элементы вторичной структуры.

Таблица 1. Сравнение водородных связей в ЯМР и РСА моделях.
№ Элемент вторичной структуры Границы в PDB Границы в DSSP
1 α-спираль Ser135 - Gly156 Val136 - Phe155
2 α-спираль Thr294 - Trp311 Ser295 - Leu310
3 β-тяж Thr107 - Ser113 Thr107 - Ser113
4 β-тяж Phe227 - Val232 Phe227 - Val232

Рис. 2. Структура GalE (3KO8), розовым цветом выделена α-спираль №1, желтым - α-спираль №2, зеленым - β-тяж №3, голубым - β-тяж №4.

Границы элементов вторичной структуры, предсказанные DSSP, практически совпадают с границами из PDB. Предсказание для β-тяжей точное, α-спирали на 1 остаток короче с обоих концов.

В структуре присутствуют редкие элементы вторичной структуры, например, 3/10-спираль и π-спираль (5/16) (рис.3). 3/10-спираль - очень «тугая» спираль. π-спираль, наоборот, спираль с широкими витками, в результате в центре спирали остаётся пустое пространство. Данные элементы редко встречаются в белках и обычно не более одного витка.

Рис. 3. Редкие элементы вторичной структуры: 3/10-спираль выделена зеленым цветом, π-спираль - розовым.

© Полина Байкузина, 2017