Учебный сайт Полины Байкузиной

Главная Семестры О себе Ссылки

Поиск гидрофобных кластеров

С помощью сервиса CluD были найдены гидрофобные кластеры в галактозид-О-ацетилтрансферазе Staphylococcus aureus (PDB 5V0Z, рис. 1). Данный белок является гомотримером.

Рис. 1. Структура галактозид-О-ацетилтрансферазы (5V0Z).

Для начала порог расстояния был установлен по умолчанию - 5,4Å. Было найдено 19 кластеров, из которых 7 содержат более 20 атомов, в остальных от 3 до 7 атомов (рис. 2-3). 2 крупных кластера являются общими для всех трех субъединиц (выделены желтым и красным).

Рис. 2. Структура галактозид-О-ацетилтрансферазы с найденными гидрофобными кластерами. Порог расстояния: 5,4Å.

Рис. 3. Структура галактозид-О-ацетилтрансферазы, показаны гидрофобные кластеры, содержащие более 20 атомов. Порог расстояния: 5,4Å.

При уменьшении порога расстояния до 4,8Å было найдено 30 кластеров, 17 из которых содержат более 16 атомов (рис.4). Из рис. 4 видно, что кластеры разбились на более мелкие. 2 крупных кластера (рис. 3, красный и желтый) разбились на несколько, соответствуя субъединицам белка (показаны синим, красным, желтым, рис. 4).

Рис. 4. Структура галактозид-О-ацетилтрансферазы, показаны гидрофобные кластеры, содержащие более 16 атомов. Порог расстояния: 4,8Å.

При увеличении порога расстояния до 6Å было обнаружено, что крупные кластеры сливаются в один и остаются 3 маленьких кластера, состоящих из 7 атомов (рис. 5).

Рис. 5. Структура галактозид-О-ацетилтрансферазы с найденными гидрофобными кластерами. Порог расстояния: 6Å.

Далее были рассмотрены гидрофобные взаимодействия в ДНК-белковом комплексе. Была выбрана структура белка KstR M. tuberculosis, связанного с ДНК (PDB 5FMP). На рис. 6 показаны контакты между белком и цепями ДНК.

Рис. 6. Структура ДНК-белкового комплекса (5FMP). Гидрофобные кластеры, образующиеся при контакте белка и ДНК показаны желтым и зеленым цветами. Порог расстояния: 5,4Å.

© Полина Байкузина, 2017