Учебный сайт Полины Байкузиной

Главная Семестры О себе Ссылки

Построение и анализ поверхностей в PyMOL

Для работы была выбрана структура периплазматического белка YmgD из бактерии E.coli (PDB 2LRM). Структура была получена методом ЯМР. Белок является гомодимером. Число моделей ЯМР: 20.

На рис. 1 показана молекулярная поверхность для первой модели.

Рис. 1. ЯМР-структура 2LRM, показана молекулярная поверхность на фоне первой модели.

Для всех 20 моделей было вычислено значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя.

Площадь молекулярной поверхности:

set dot_solvent, 0
get_area 2lrm_000*

Площадь поверхности, доступной для растворителя:

set dot_solvent, 1
get_area 2lrm_000*

На рис. 2 и 3 представлены графики, отражающие распределение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя.

Рис. 2. Распределение площади молекулярной поверхности.

Рис. 3. Распределение площади поверхности, доступной для растворителя.

На рис. 4 показано совместное распределение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя. Значения довольно разбросаны, но при линейной аппроксимации наблюдается зависимость, чем больше площадь молекулярной поверхности, тем больше площадь поверхности, доступной для растворителя.

Рис. 4. Совместное распределение площади молекулярной поверхности (по оси X) и площади, доступной для растворителя (по оси Y).

На рис. 5 выделены остатки, отвечающие за межцепочечные контакты. Контактами считаем любые группы атомов двух биомолекул на расстоянии, не превышающем 3.5Å. На рис. 6 показаны фрагменты поверхностей межцепочечных контактов.

Рис. 5. Остатки, отвечающие за межцепочечные контакты, выделены желтым и розовым цветами.

Рис. 6. Фрагменты поверхностей межцепочечных контактов.

© Полина Байкузина, 2017