RasMol

Заголовок: CHAPERONE 04-JUL-07 (2QI)_
Название структуры: структура металлшаперона с четырхядерным Cu(I) кластером связывающего ионы меди белка. ( CRYSTAL STRUCTURE OF A METALLOCHAPERONE WITH A TETRANUCLEAR CU(I) CLUSTER COPPER-ION-BINDING PROTEIN)

Идентификатор цепи	Число остатков	Название молекулы	Комментарии
A	69	COPPER CHAPERONE COPZ
B	69	COPPER CHAPERONE COPZ

 

ID	Название	Формула	Число молекул	Комментарии
CU1	COPPER (I) ION	Cu +	4	202,203 в A и 201, 204 в B
ACT	ACETATE ION	(C2 H3 O2) -	4	301 и 302 в A цепи.
GOL	GLYCEROL	C3 H8 O3	6	501 в A цепи.
CA	CALCIUM ION	Ca 2+	1	401 в B цепи.

Весь белок.

Большие атомы по центру - Cu (не в масштабе). Красным и розовым показаны А и Б цепи. В шарнирной модели - лиганды (кроме меди). Маленькие красные - молекулы воды.

5. Белок состоит из двух практически полностью идентичных половин вытянутой окргулой формы (длина примерно в два раза больше ширины). Приближенно можно представить в виде цилиндра шириной 30 Å и длиной 60 Å. V_б=0.006*0.0015*0.0015*&pi~=0,00000004239=0.4*10^-7 микрометра. Одну клетку Escherichia coli можно аппроксимировать цилиндром объема V_кл=0.5²2&pi=1.57 микрометра. В таком случае в одной клетке поместится примерно 40 миллионов белков. Если считать для всех 4400 белков и допустить, что они все такого же размера, то примерно по 9000 каждого белка.

Предел светового микроскопа 0.2 мкм. Тогда необходимо минимум 25 миллионов белков (если составить их в квадрат).

6. Во-первых, в ChemSketch была получена аминокислота, а в RasMol - аминокислотный остаток.
Во-вторых, ChemSketch не учитывает взаимного влияния радикалов друг на друга.
В-третьих, ChemSketch строит модель на основе теории, а Rasmol на основе практических
данных, что неизбежно приводит к неточностям и необходимости округления.