RasMol


На главную
К первому семестру
Таблица. Измерение торсионных углов остатка GLY10 в белке COPZ_BACSU, цепь А


Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. GLU9:A.C (карбонильный углерод 9-ого остатка цепи А)
  2. GLY10:A.N (азот остова 10-ого остатка цепи A)
  3. GLY10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А)
  4. GLY10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А)
Ni - C&alphai 111.18
ψ
  1. GLY10:A.N (азот остова 10-ого остатка цепи A)
  2. GLY10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А)
  3. GLY10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А)
  4. MET11:A.N (азот остова 11-ого остатка цепи A)
C&alphai - Ci -11.65
ω
  1. GLY10:A.CA (углерод 10-ого остатка цепи А)
  2. GLY10:A.C (карбонильный углерод 10-ого цепи А)
  3. MET11:A.N (азот 11-ого остатка цепи A)
  4. MET11:A.CA (углерод 11-ого остатка цепи А)
Ni - Ci+1 174.58



Угол &phi


Карты Рамачандрана

В моем белке нет ни одного пролина

Судя по полученным данным, зная торсионные углы определенного множества атомов, можно с высокой долей вероятности утвержать могут ли они являться альфа-спиралью или бета-слоем или нет. Ничего удивительного в том, что в спирали и бета-слое аминокислоты должны занимать определенное положение относительно друг друга чтобы не разрушать структуры (не зря она называется периодической).