В А цепи белка имеются:
2 α-спирали (показаны красным)
1 антипараллельный β-слой из 4х тяжей (показаны синим)
5 реверсиовных поворотов (показаны зеленым)
Структура белка α/β
α-спираль
Общий вид α-спирали
Увеличенный фрагмент спирали
Исследовалась самая длинная α-спираль, включавшая
аминокислотные остатки с 14 по 25.
Паттерн ее Н-связей можно записать так: H(i,i+4) (где i от 14 до 21).
(
где i - номер остатка, которому принадлежит атом кислорода,
i+4 - номер остатка,
которому принадлежит атом азота.)
В структуре ни один С β атом не заходит внутрь спирали.
β-слой
Антипараллельный β-слой из COPZ_BACSU
Параллельный β-слой из РНК синтетазы
Исследовался слой, состоящий из
трех самых длинных β-тяжей: с 2 по 9 а.о., с 41 по 46 и с 30 по 36 а.о.
Паттерн Н-связей можно записать как
(H(2i,2k) H(2k,2i) H(2i-1,2j) H(2j,2i-1))
(где i от 23 до 21; k от 1 до 4; j от 16 до 18) (
где первым стоит номер остатка, которому принадлежит атом кислорода,
вторым - номер остатка,
которому принадлежит атом азота.)
(2i - остаток, принадлежащий среднему тяжу, 2j и 2k остатки, принадлежащие
левому и правому тяжам соответственно. Подобный способ нумеровки остатков
был выбран для того, чтобы легче было отражать тот факт, что связи с левым
и правым тяжем чередуются через один. Читать паттерн следуют следующим
образом: выбираем первые значения для всех параметров i=23, k=1 j=16.
Тогда 2i=46 2i-1=45 2k=2 2j=32. Таким образом паттерн отражает, что
2i=46 остаток связан с 2k=2 остатком правого тяжа
(как через азот, так и через кислород), а 2i-1=45 c 2j=32 остатком.
Следующим ходом берем следующий параметр из указанного
выше диапазона для каждой переменной)
С β атомы, также как и в α-спирали, не заходят внутрь структуры.
Они распологаются чередующимися рядами над и под β-слоем.
Дополнительно: Изучая изображение параллельного β-слоя,
можно предположить, что Н-связи появляются также
между а.о. одной цепи в качестве "ребер жесткости", но в
β-слое из моего белка недостаточно подобных связей для
возможности говорить о закономерности.
Реверсивный поворот
Поворот, согласно RasMol(у) включает в себя 38 и 39 аминокислотные остатки.
В таком случае он не содержит Н-связи, скрепляющей его. С другой стороны,
такую связь образуют две следующие а.о., находящиеся по
разные концы от поворота (37 и 40). Возможно RasMol ошибочно не включил
их в поворот.
