| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | V-E-G-M-S-C-Q-H-C-V-K-A-V-E-T-S-V-G-E-L-D-G-V | 1 | Да |
| Сильный | [VI]-[EDPG]-G-M-[ST]-C-[TQSA]-[NASH]-C-[APV]-[GINSK]-[KTSRA]-[FV]-[EK]-[KGT]-[SNAI]-[VIL]-[GKSR]-[NKDATE]-[LIV]-[DEP]-G-V | 10 | Да |
| Слабый | [VI]-x-G-M-x-C-x(2)-C-x(3)-[VF]-[EK]-x(2)-[LIV]-x(2)-[LIV]-x-G-V | 46 | Да |
Первый паттерн находит только мой белок.
Второй - все заданные белки плюс несколько белков со сходными названиями.
Последний паттерн находит примерно столько же белков, сколько выдает BLAST с счетом (max score) больше 40 (синий цвет раскраски находки и выше).
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке XXXX_BACSU
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS50846 | HMA_2 | Heavy-metal-associated domain profile | profile | profile | + | 1 (в профиль попадают все остатки белка кроме двух) |
| PS01047 | HMA_1 | Heavy-metal-associated domain | pattern | [LIVNS] - x - {L} - [LIVMFA] - x - C - x - [STAGCDNH] - C - x(3) - [LIVFG] - {LV} - x(2) - [LIV] - x(9,11) - [IVA] - x - [LVFYS] | + | 1 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Casein kinase II phosphorylation site | pattern | [ST] - x(2) - [DE] | - | 2 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Protein kinase C phosphorylation site | pattern | [ST] - x - [RK] | - | 1 |