На главную
К второму семестру

Доменная структура белка COPZ_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
Положение в последовательности белка COPZ_BACSU Клан
1. PF00403 HMA Heavy-metal-associated domain (домен связывания тяжелых металлов) 5-66 no



Домен встречается в 1141 видах.

Представленность домена PF00403 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF00403
Эукариоты Зеленые растения  48
Грибы  63
Животные  240
Остальные эукариоты   20
Бактерии  1381
Археи  57


Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. HMA   CADA_BACSU, COPZ_BACSU, COPA_BACSU



Доменные перестройки

Домен связывания тяжелых металлов очень часто встречается вместе с двумя другими доменами: E1-E2-ATPазным и Гидролазным. Он может встречаться как слева, так и справа от этих двух доменов. Так же может дублироваться, причем неоднократно. Часто не содержит нескольких крайних аминокислот.





msf выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена заданного белка


InterPro


В InterPro было найдено 10 подписей для моего белка, но все они аналогичны друг другу, все отражают то, что белок связан с транспортом меди. Все они включают больше 90% аминокислот моего белка. Одна подпись полностью совпадает с доменом из Pfama, другие отличаются на пару аминокислот.