На главную
К четвертому семестру
  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где? Component 2 cytoplasm
Зачем, для чего? Function/Process 6 copper ion transmembrane transporter activity; copper ion binding
Молекулярный механизм?      
Специфичность?      

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0006825 None GO:0000041 transition metal ion transport;
GO:0030001 metal ion transport
GO:0006812 cation transport
GO:0006811 ion transport
GO:0051234 establishment of localization
GO:0008150 biological_process
GO:0015680 intracellular copper ion transport GO:0035434 copper ion transmembrane transport
GO:0046872 narrow: heavy metal binding exact: metal binding GO:0043169 cation binding
GO:0043167 ion binding
GO:0005488 binding
GO:0003674 molecular_function
GO:0000287 magnesium ion binding GO:0005509 calcium ion binding
GO:0046914 transition metal ion binding
GO:0031420 alkali metal ion binding
GO:0046911 metal chelating activity
GO:0032791 lead ion binding
GO:0005737 None GO:0044424 intracellular part

GO:0044464 cell part
GO:0005575 cellular_component
GO:0045495 pole plasm
GO:0016528 sarcoplasm
GO:0044444 cytoplasmic part

Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

Описание таксона: Русское название-Морскаяя свинка Латинское название-Oriza Taxonomy ID: 4527 Ранг-genus

Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Морской свинки(по данным UniProt)

  Количество в UniProt Количество в UniRef100
Существование белка доказано экспериментально -- ---
Известны только соответствующие транскрипты 5 5
Гипотетический белок, предсказан по гомологии 7 7
Иные предсказанные гипотетические белки 3 3


Использование GO для работы с массовыми данными


Excel
bacillus subtilis
Число белков протеома 4145
Какому проценту записей приписан хоть один термин GO? 100%
Термины из каких словарей (функция, процесс, локализация) встречаются чаще (гистограмма)?





((([uniprot-Organism:Oryza*] & [uniprot-Organism:sativa*]) | [uniprot-Organism:Oryza sativa*]) > ([uniprot-DbName:GO*] & [uniprot-DBxref:GO:0006260*]))
GO:0006260 -- DNA-replication -- P -- 214