На главную
К четвертому семестру
Excel
<

Мнемоника	AC записи EMBL	Координаты FT, в которой описано 16S рРНК
BACSU	CP002468	2221825..2223383
BACAN	AE017334	9335..10841
CLOTE	AE015927	176113..177621
STAA1	AP009324	531922..533476
LACDA	CP000412	43705..45265
GEOKA	BA000043	10421..11973
THETN	AE008691	53858..55384

Все получено командой вида seqret embl:AP009324[531922:533476] stdout >> rna.fasta

Для STRPN 16S не было. Была найдена bl2seq (бласт генома strpn и 16s BACAN)


Выравнивание muscle
Дерево fprotpars


Дерево из этого задания:
==>


Привильное


По белкам rpoz (fprotpars)





Верные ветви:
(Clote; Thetn) и все...

В то время, как по белкам дерево имело три верных ветви:
{Bacan, Bacsu, Geoka},
{Thetn, Clote},
{Lacda, Strpn}


Полученно дерево не отличается от полученного в оригинальном 4 задании. Оно так же содержит достаточно серьезные ошибки и менее правильно, чем полученное программой fprotpars по белкам rpoz.
Учитывая совпадение деревьев (с добавлением ветви Strpn), мои выводы не претерпевают особых изменений:

"В дереве правильно определена принципиально далекая от остальных ветвь (Thetn; Clote), а вот в более близких ветвях начинается определенная путаница. Так ветвь ((Bacsu;Bacan); Geoka), которую правильно понимали все предыдущие алгоритмы, здесь не представлена. Правильности алгоритма хватило только на то, чтобы поместить Bacan, Bacsu, Staa1 и Geoka в одну ветвь, не смешав их с другими ветвями. В целом, алгоритм показывает результаты обратные предыдущим: он достаточно правильно показал отношения больших групп, но не смог определить отношения внутри самих групп. И то и другое, видимо, связано с высокой консервативностью рРнк. "