Четвертый семестр

Задание 1

1
2
3
4

1
2
3
4
Как показывает практика (точнее наблюдения), альфа-спиральные белки могут распалагаться в мембране почти произвольно: перпендикулярно и под большим наклоном; могут иметь один трансмембранный домен и крайне много; домены могут быть сгруппированы или располгааться почти бессистемно.

Бета-баррели, в данном отношении, чуть более структурированы. Обычно имеется всего один баррель (хотя не всегда) и обычно он располагается более или менее перпендикулярно мембране.

PDB код	Число цепей	Тип (спираль, баррель)	Число трансмембранных участков в цепи	Число остатков в одном трансмембранном участке (типичное, минимальное, максимальное)	(*) Толщина мембраны в ангстремах (расстояние между атомами на границах трансмембранных участков перпендикулярно мембране
1kmo	2	баррель	20	9-13
1a11	1	спираль	1	18

Задание 2

P19493

По записям юнипрот: имеет 3 трансмембранных домена (545-565, 626-646, 814-834), каждый длиной в 21 а.к. Так же имеет два региона, опознанных как сайт связывания глутамата (оба снаружи, причем на разных участках), что логично, ввиду того, что белок анотирован, как глутамат зависимый ионный канал.

Выравнивание
В выравнивании:
1-541 О
542-561 М
562-596 I
597-612 M
613-616 I
617-637 M
638-811 O
811-831 M

Задание 3

Судя по данным, программа TMHMM ищет гидрофобные спирали и считает ех погруженными в мембарну, причем она считает, что все спирали должны содержать одинаковое количество а.к. остатков (в данном случае везде 23). Немного непонятно, почему программа выбрала именно такую длину, с учетом того, что у гомолога везде меньше и все спирали находятся в мембране под некоторым углом. Таким образом, алгоритм либо считает, что спирали находились в мембране еще под большим углом, либо он считает мембрану более толстой, чем та, в которой был закреплен гомолог.
Таким образом, похоже, что алгоритм действует с большим запасом, предпочитая предсказать лишнее, чем не предсказать правильное.

	Число а.к. остатков
Всего а.к. остатков в последовательности	902
Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего)	23+23+23+23=92
Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP)	19+12+16=47
Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP)	23+5+12+8=48
Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN)	902-92+48=858
Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN)	20+16+21+21-47=31
Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)	0.6
Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP)	0.94
Точность(precision) = TP /(TP+FP)	0.49
Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)	0.5
Недопредсказание = FN / (TN+FN)	0.034