На главную
К четвертому семестру
Занятие 1
Взят домен - PF00403, ( Heavy-metal-associated domain )
9383 последовательностей, 2279 видов.
Из них:
1808 бактерий
410 эукариот
67 архей
(что крайне странно, если их сложить и сравнить с общим количеством видов)
Файл Excel
Выравнивание
Филогенетическое дерево:
1+0 - только HMA домен
1+1 - HMA + Hydrolase
При выборе была обнаружена некоторая странность: было две группы архитектур 1+1 длины 60 и 200. Была выбрана
последняя по двум причинам: длина 1+0 так же около 60 и по логике должна увеличиться при добавлении второго;
"короткий" 1+1 встречался только у бактерий, тогда как "длинный" присутствовал во всех таксонах.
Зеленым обозначена архитектура 1+1, красным - 1+0. Кружочки - бактерии, треугольки - эукариоты, квадраты - археи.
Из дерева видно, что каких-либо четких тенденций не наблюдается. В то же время, домены
одинаковой архитектуры, но разных таксонов, судя по всему,
тяготеют друк к другу больше, чем разные архитектуры из одного таксона. По моему мнению,
это определенным образом указывает на сцепленную эволюцию, по крайней мере для данных архитектур (хотя и крайне косвенно).