На главную
К четвертому семестру

Занятие 2


Задание 1

Bacillus subtilis
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group

Bacillus anthracis
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group

Clostridium tetani
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium

Geobacillus kaustophilus
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
Lactobacillus delbrueckii
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus

Staphylococcus aureus
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus

Streptococcus pneumoniae
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Thermoanaerobacter tengcongensis
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Caldanaerobacter; Caldanaerobacter subterraneus




Ветви:
cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia;
(CLOTE, THETN)



cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli;
((LACDA,STRRN),(((BACAN,BACSU),GEOKA), STAA1))




Задание 2, 3, 4


Genedoc

Задание 5


Построенное программой дерево Правильное

Программа построила всего одно дерево. Полученное дерево достаточно сильно отличается от правильного. Алгоритм правильно объединил близкие группы организмов, но ошибся, определяя положение этих групп относительно друг друга.
Построенное дерево: (STAA1, ( ( (STRPN, LACDA), (( THETN, CLOTE), (BACAN, (BACSU, GEOKA)))))



Правильные ветви: {Bacan;Bacsu;Geoka} и {Thetn; Clote}, {Lacda; Strpn}.


Задание 6



Ультраметричность: d(STAA1, BACAN) > d(BACAN, BACSU)
d(STAA1, BACAN)-d(STAA1, BACSU)/d(BACAN< BACSU)=0.285


Аддитивность:
d(STAA1, BACAN) + d(BACSU, THETN) = 2.45544
d(STAA1, BACSU) + d(BACAN, THETN) = 2.71391
d(STAA1, THETN) + d(BACAN, BACSU) = 2.34506
Отклонение: 0.1

Задание 7


Neighbor-Joining UPGMA
ДЕРЕВО ПРАВИЛЬНОЕ
Дерево так же верно, не считая укорененияя.



N-b построил правильное дерево!