Bash

Bash - разновидность командной оболочки Unix.

Потоки ввода-вывода в системах Unix

Каждая программа в консоли Unix работает одновременно с 3 потоками: stdin, stdout и stderr.

Поток номер 0 (stdin) - стандартный ввод (standart input), служит для чтения команд пользователя или входных данных.
Поток номер 1 (stdout) - стандартный вывод (standart output), служит для вывода данных.
Поток номер 2 (stderr) - стандартный вывод ошибок (standart error), предназначен для вывода диагностических и отладочных сообщений в текстовом виде.

Перенаправление потоков

Для перенаправления потоков вывода используются символы "|", ">" и "<".

Перенаправление потоков вывода в файл
- Для направления stdout в файл используется символ ">" ("<") для перезаписи файла, а ">>" ("<<") - для добавления в файл. При этом конструкция имеет вид:
  <команда> > <файл> или же <файл> < <команда>
  Например, ls -1 > dir.txt создаст файл dir.txt в текущей директории со списком уже имеющихся элементов в этой же директории.
- Для направления stderr аналогичным образом используется "2>" или "2>>".
- Чтобы одновременно перенаправить сразу оба потока используется ">&".

Перенаправление потоков вывода одной комманды в stdin другой
- Для направления stdout применяется конвейер (pipe), задаваемый символом "|" в виде:
  <команда 1> | <команда 2> (т.е. stdout команды 1 используется как stdin команды 2)
  Например, ls | wc -w подсчитает количество элементов в текущей директории.
- Для направления stderr используется конструкция "2>&1|", которая применяется аналогичным образом.

Спецсимволы bash

Пробел отделяет параметры команды друг от друга
Tab используется для автозаполнения
В одинарных кавычках (') все символы воспринимаются буквально
Обратный слэш (\) в сочетании с любым символом преобразуется в введённый символ
>, <, | используются для работы со стандартными потоками
Точка с запятой (;) используется для разделения комманд, введённых в одной строке
Звёздочка * заменется на любое количество любых символов
Вопросительный знак (?) заменяется на 1 любой символ
Квадратные скобки [ ] заменяются на любой из символов, помещённых внутри них.

EMBOSS

EMBOSS - European Molecular Biology Open Software Suite - открытый европейский пакет программного обеспечения по молекулярной биологии.

В состав EMBOSS входит программа infoseq. Она отображает основную информацию о последовательностях мономеров биополимеров. В таблице 1 приведено большинство её параметров и опций.

Таблица 1. Описание программы infoseq
Параметр или опция	Описание
Стандартные (обязательные) параметры
[-sequence]	Имя последовательности (её идентификатор) или USA
Дополнительные (опциональные) параметры
-outfile	Если после опции указать имя файла, то поток вывода запишется именно в него
-html	Преобразует поток вывода в код таблицы HTML
Расширенные параметры
-only	При задании этой опции программа выведет только указынные пользователем параметры
-[no]heading	При указании [no] перед заголовком параметра, программа пропустит его
-usa	Выводит USA (Uniform Sequence Address) последовательности
-database	Отобразит базу данных, в которой задана последовательность
-name	Выводит ID (имя) последовательности
-accession	Выводит AC (код доступа) последовательности
-seqversion	Выводит номер версии последовательности
-type	Выводит тип последовательности (P-белковая/N-нуклеотидная)
-length	Выводит длину последовательности
-pgc	Выводит процентное соотношение GC-нуклеотидов
-description	Выводит описание последовательности

Например, при запросе infoseq sw:yojm_bacsu -notype -seqversion -pgc, программа выводит:

USA                      Database       Name           Accession      Version Length Organism            Description 
sw-id:YOJM_BACSU         sw             YOJM_BACSU     O31851         -       196    Bacillus subtilis (strain 168) Superoxide dismutase-like protein YojM (Precursor)