Ссылка на практикум: практикум 1

Запуск PyMol в виде библиотеки:

from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys

# pymol launching
import __main__

__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

### Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]


import pymol
 
pymol.finish_launching()
 
from pymol import cmd

### Информацию об ошибках можно смотреть там где запускали  ipython notebook

### Будем вставлять файлы изображений 

from IPython.display import Image

cmd.delete('all')
cmd.fetch('1lmp')

## А можно не париться c cmd
cmd.do('''
bg_color white
remove solvent
extract ligands,het
as surface, 1lmp
set transparency,0.5
as sticks, ligands
show stick, byres(1lmp w. 4 of ligands)
center ligands
origin ligands
zoom ligands
dist hbo,1lmp,ligands,3.2,mode=2
ray
png pic1.png
''')

## Если не хотим указывать полный путь к файлу то:
Image(filename='pic1.png')