Практикум 1. Визуализация молекул в J(S)Mol
Данный практикум посвящён визуализации молекулы белка (в моём случае - Ni,Fe-содержащей дегидрогеназы монооксида углерода, PDB ID: 4UDY) при помощи программы JMol. Апплет JavaScript-версии JMol (JSMol) был встроен в страницу практикума, был написан скрипт, позволяющий отображать модель молекулы в разных режимах; чтобы переключать режимы, воспользуйтесь кнопкой [Resume], чтобы начать заново - [Start script].
Кроме того, при помощи встроенных инструментов JMol были проведены измерения параметров водородных связей в альфа-спиралях и бета-листах молекулы белка; полученная информвция представлена в Таблице 1.
| № | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
|---|---|---|---|
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N [ALA]91 – O [ALA]87 | 2.86 | 144.0 |
| 2 | N [GLY]92 – O [ALA]88 | 3.12 | 151.2 |
| 3 | N [GLY]95 – O [ALA]91 | 2.98 | 174.0 |
| 4 | N [ALA]90 – O [ILE]86 | 2.89 | 168.6 |
| 5 | N [GLY]89 – O [SER]85 | 2.99 | 162.2 |
| Бета-листы | |||
| 1 | N [ASN]289 – O [VAL]254 | 2.78 | 158.0 |
| 2 | N [VAL]256 – O [ASN]289 | 2.99 | 173.5 |
| 3 | N [VAL]291 – O [VAL]256 | 2.84 | 164.0 |
| 4 | N [VAL]258 – O [VAL]291 | 2.94 | 161.1 |
| 5 | N [ILE]293 – O [VAL]258 | 2.90 | 158.3 |
Таким образом, средняя длина водородной связи для альфа-спиралей - 2,968 Å, для бета-листов - 2,89 Å; ожидаемые значения: 2.5 - 3.2 Å. Средняя величина углов: для альфа-спиралей - 160°, для бета-листов - 162.98°; ожидаемые значения: 130 - 180°. Вывод: измеренные параметры удовлетворяют предположениям об их величине.
Источник: Wermuth C.G., Raboisson P., Aldous D., Rognan D.; The practice of medicinal chemistry, Academic Press, 2015