Практикум 1. Филогенетические деревья
Этот практикум посвящён работе с небольшим филогенетическим деревом для нескольких видов бактерий, а также знакомству с сервисом NCBI Taxonomy.
Выбранные бактерии
Из предложенного для выполнения задания списка были выбраны следующие 8 видов протеобактерий:
| Название вида | Мнемоника |
|---|---|
| Agrobacterium fabrum | AGRFC |
| Burkholderia cenocepacia | BURCA |
| Haemophilus influenzae | HAEIN |
| Pasteurella multocida | PASMU |
| Proteus mirabilis | PROMH |
| Saccharophagus degradans | SACD2 |
| Serratia proteamaculans | SERP5 |
| Yersinia pestis | YERPE |
Затем для выбранных бактерий было составлено филогенетическое дерево, полученное на основе приведённого в задании дерева для всех видов протеобактерий из общего списка.
Скобочная формула дерева
Полученное дерево характеризуется следующей скобочной формулой:
((((((SERP5, YERPE), PROMH), (HAEIN, PASMU)), SACD2), BURCA), AGRFC)
Изображение дерева
На рисунке 1 приведено изображение полученного филогенетического дерева.
Нетривиальные ветви дерева
Далее представлен набор нетривиальных (отделяющих как минимум два листа от остальных) разбиений дерева на ветви.
{SERP5, YERPE} vs {PROMH, HAEIN, PASMU, SACD2, BURCA, AGRFC}
{SERP5, YERPE, PROMH} vs {HAEIN, PASMU, SACD2, BURCA, AGRFC}
{HAEIN, PASMU} vs {SERP5, YERPE, PROMH, SACD2, BURCA, AGRFC}
{SERP5, YERPE, PROMH, HAEIN, PASMU} vs {SACD2, BURCA, AGRFC}
{SERP5, YERPE, PROMH, HAEIN, PASMU, SACD2} vs {BURCA, AGRFC}
Таксономическая принадлежность выбранных бактерий
Ниже приведена информация о таксономии выбранных видов бактерий согласно данным NCBI Taxonomy.
• Agrobacterium fabrum (AGRFC): Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium
• Burkholderia cenocepacia (BURCA): Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia
• Haemophilus influenzae (HAEIN): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
• Pasteurella multocida (PASMU): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
• Proteus mirabilis (PROMH): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus
• Saccharophagus degradans (SACD2): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus
• Serratia proteamaculans (SERP5): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
• Yersinia pestis (YERPE): Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia
Некоторым из приведённых таксонов можно сопоставить нетривиальные ветви на построенном ранее филогенетическом дереве:
• Yersiniaceae: {SERP5, YERPE}
• Enterobacterales: {SERP5, YERPE, PROMH}
• Pasteurellales: {HAEIN, PASMU} (таксон Pasteurellaceae, также соответствующий этой ветви, ниже по рангу, а потому не рассматривается)
• Gammaproteobacteria: {SERP5, YERPE, PROMH, HAEIN, PASMU, SACD2}
Данное соответствие наглядно продемонстрировано на рисунке 2.
