Kocuria rhizophila
| Таксономия | |
| Домен | Bacteria |
| Тип | Actinobacteria |
| Класс | Actinobacteria |
| Подкласс | Actinobacteridae |
| Порядок | Actinomycetales |
| Семейство | Micrococcaceae |
| Род | Kocuria |
| Вид | Kocuria rhizophila |
Описание бактерии
Kocuria rhizophila – почвенная грамм-положительная актиномицета. Имеет коккоидную форму. Является сапротрофом. Бактерия обитает в пресных водоемах, почве, ризосфере корня, морских отложениях, иле, на покровах млекопитающих. Эта бактерия высоко адаптирована к своим экологическим нишам. Будучи высокоустойчивой к обитанию в различных органических растворах, K. rhizophila имеет важное производственное значение. Особенно широко применяется для создания бактериальных систем биоконверсии.[2]
Описание генома
Имеется одна кольцевая хромосома (2,697,540 пар оснований; G+C пар 71.16%), содержащая 2,356 белок-кодирующих генов. 87.7% найденных белков были свойственны всем актиномицетам. Также общий анализ генома показал тесное сродство бактерии с актиномицетами. Маленький размер генома связан с тем, что кодируется относительно малое количество белков, необходимых для вторичного метаболизма, регуляции транскрипции и горизонтального переноса генов.[3]
Почему секвенировали геном K. rhizophila?
Ранее эту бактерию относили к одному из штаммов бактерии Micrococcus luteus - ATCC 9341. Для более подробного изучения и, возможно, выявления еще неизвестных молекулярно-генетических различий был отсеквенирован геном штамма ATCC 9341, после чего стало ясно, что различия существенны. Поэтому штамм ATCC 9341 переклассифицировали в вид K. rhizophila.[4]
Complete genome sequence of the soil actinomycete Kocuria rhizophila.
Takarada H, Sekine M, Kosugi H, Matsuo Y, Fujisawa T, Omata S, Kishi E, Shimizu A, Tsukatani N, Tanikawa S, Fujita N, Harayama S.
Abstract
The soil actinomycete Kocuria rhizophila belongs to the suborder Micrococcineae, a divergent bacterial group for which only a limited amount of genomic information is currently available. K. rhizophila is also important in industrial applications; e.g., it is commonly used as a standard quality control strain for antimicrobial susceptibility testing. Sequencing and annotation of the genome of K. rhizophila DC2201 (NBRC 103217) revealed a single circular chromosome (2,697,540 bp; G+C content of 71.16%) containing 2,357 predicted protein-coding genes. Most of the predicted proteins (87.7%) were orthologous to actinobacterial proteins, and the genome showed fairly good conservation of synteny with taxonomically relate d actinobacterial genomes. On the other hand, the genome seems to encode much smaller numbers of proteins necessary for secondary metabolism (one each of nonribosomal peptide synthetase and type III polyketide synthase), transcriptional regulation, and lateral gene transfer, reflecting the small genome size. The presence of probable metabolic pathways for the transformation of phenolic compounds generated from the decomposition of plant materials, and the presence of a large number of genes associated with membrane transport, particularly amino acid transporters and drug efflux pumps, may contribute to the organism's utilization of root exudates, as well as the tolerance to various organic compounds.[5]
PMID: 18408034;
Запрос в БД PubMed “Kocuria rhizophila”.
1.www.bio.nite.go.jp
2.www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2446769/
3.www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2446769/
4.ijs.sgmjournals.org/content/53/4/995.full
5.www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18408034