# Примечание: Почти все комментарии, приведенные к данному скрипту, распространяются не только конкретно к тем командам, за которыми они непосредственно следуют, а на несколько последующих идентичных по смыслу команд.
color chain
color translucent 0.9
select 1 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1) or 2 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1) or 3 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1) # С белком связаны три лиганада и каждая пронумерована номерами 1, 2 и 3 соответственно. Все три - молекулы цитрата (C6O7H 7). Этой командой выделим все углероды, принадлежащие молекуле цитрата под номером 1.
color white
select not protein and not water and not (1 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1) or 2 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1) or 3 and (*.c6 or *.c5 or *.c4 or *.c3 or *.c2 or *.c1)) # Выделим оставшиеся атомы кислорода той же молекулы лимонной кислоты.
color red
zoom 60
rotate x -45
rotate y 283
rotate z -75
pause
restrict 1 or *b and 210-230 or *a and 112-122 # Этой командой покажем какие вторичные структуры контактируют с лигандом (две альфа спирали).
select 210-230 and *b or 112-122 and *a
color chain
cartoon
select 1 # Напоминаю, что 1 - это молекула цитрата и очевидно, что под номером 1.
wireframe 50
select 1:B.O7 # Последующими командами укажем трехбуквенное название лиганда и её номер (CYT 1)
label %n %r
set labeloffset -1 1
set fontsize 13
select 210 and *b.ca or 230 and *b.ca or 112 and *a.ca or 122 and *a.ca # Этим и полсдеующими командами укажем трехбуквенное название и номер концевых аминокислотных остатков во вторичных структурах, контактирующих с лигандом
color yellow
label %n %r
set fontsize 13
select 210 and *b.ca
set labeloffset 1 65
select 230 and *b.ca
set labeloffset 10 0
select 112 and *a.ca
set labeloffset 20 0
select 122 and *a.ca
set labeloffset 40 0
rotate x 155
rotate z 45
zoom 130
pause
select all
cartoon off
label off
select 210-230 and (*b.n or *b.c or *b.ca) # Выделим и...  
wireframe 40 # покажем каркас ОДНОЙ ИЗ ДВУХ альфа-спиралей, контактирующих с лигандом
select *b and 218-219 # Выберим и покажем  боковые цепи тех аминокислотных остатков, которые образуют связи с лигандом.
wireframe 40
select *b and 215
wireframe 40
select *b and 222
wireframe 40
restrict not 222:B.NZ%A # Почему-то радикалы 215й и 222й  аминокислот в pdb файле были представлены одновременно двумя разными пространственными изомерами. Лишний изомер радикалов удалим прочь.
restrict not 222:B.NZ%A
restrict not 222:B.CE%A
restrict not 222:B.CG%A
restrict not 222:B.CB%A
restrict not 215:B.CB%A
restrict not 215:B.OG%A
select 112-122 and (*a.n or *a.c or *a.ca) # Теперь то же, что и с первой спиралью, для ВТОРОЙ альфа-спирали: покажем боковые цепи образующих связи с лигандом этим и последующими пятью командами.
wireframe 40
select 121:a
wireframe 40
select 122:a
wireframe 40
select 1:B.O7 # Этой и следующей командой укажем трехбуквенное название лиганда и её номер (CYT 1)
label %n %r
select 121:A.CE  # Этим и полсдеующими похожими командами укажем трехбуквенное название и номер аминокислотных остатков, образующих связи с исследуемым лигандом.
label %n %r
select 122:A.ND2
label %n %r
select 222:B.CD%B
label %n %r
select 215:B.CB%B
label %n %r
select 218:B.CE
label %n %r
select 219:B.CG
label %n %r
select all
set fontsize 13
select 215
set labeloffset -1 1
select 218
set labeloffset -1 10
select 122
set labeloffset 1 0
select 121
set labeloffset 0 20	
pause
restrict not protein
select within (3.0, 1) and water # Выберим молекулы воды которые, вероятно, образуют водородные связи с лигандом.
cpk 100
color red
zoom 145
label %n
select 509 # это молекулы вода
set labeloffset -1 1
restrict not 446 # Удалим ту "молекулу" воды, которая образует водородную связь, но не с лигандом, а с остатком аминокислоты.