Парное выравнивание белков - это сопоставление последовательностей двух белков, отражающее степень родства этих белков, сходство их активностей и функций.
Исследуемым белком является фермент Маннан эндо-1,4-β-маннозидаза (маннозидаза). И вся предстоящая работа будет связана с ним.
Мутанты
С помощью скрипта evolve_protein.pl (не входящим в пакет EMBOSS) были получены мутантные пептиды длиной в 20 аминокислотных остатков трех участков маннозидазы со следующими параметрами:
| Параметр | Мутант №1 | Мутант №2 | Мутант №3 |
| Вероятность изменения остатка (моделирующая "ошибку" ДНК-полимеразы) | 0.6 | 0.6 | 0.4 |
| Вероятность замены остатка в случае, если данная позиция будет изменена | 0.6 | 0.8 | 0.8 |
Рис.1 Выравнивание вручную участка белка (сверху) с мутантом №1
Рис.2 Выравнивание вручную участка белка (сверху) с мутантом №2
Рис.3 Выравнивание вручную участка белка (сверху) с мутантом №3
Ортологи
С помощью программы Muscle были выровнены последоватеьности исследуемого белка MANB1_BACSU и двух его ортологов: G4NR69_BACPN (Bacillus subtilis subsp spizizenii TU-B-10) и G4P9F6_BACIU (Bacillus subtilis subsp subtilis str RO-NN-1). На рис.4 приведен фрагмент выравнивания с 229 по 251 аминокислотные остатки.
Рис.4 Фрагмент тройственного выравнивания (учасок с 229 - по 251 аминокислотые остатки)
Полное выравнивание доступно в формате .jar
Каждая из последовательностей выравнивалась попарно между собой. Информация об этих выравниваниях была получена с помощью скрипта infoalign пакета EMBOSS:
| Name | Aligned Length | Gaps | Identity | Similarity | Difference | % Change | Weight |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MANB1_BACSU/ 1-362 | 362 | 0 | 362 | 0 | 0 | 0.000000 | 1.0000 |
| G4NR69_BACPN/ 1-362 | 362 | 0 | 339 | 7 | 16 | 6.353591 | 1.0000 |
| Name | Aligned Length | Gaps | Identity | Similarity | Difference | % Change | Weight |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MANB1_BACSU/ 1-362 | 362 | 0 | 362 | 0 | 0 | 0.000000 | 1.0000 |
| G4P9F6_BACIU/ 1-362 | 362 | 0 | 355 | 3 | 4 | 1.933702 | 1.0000 |
| Name | Aligned Length | Gaps | Identity | Similarity | Difference | % Change | Weight |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| G4NR69_BACPN/ 1-362 | 362 | 0 | 362 | 0 | 0 | 0.000000 | 1.0000 |
| G4P9F6_BACIU/ 1-362 | 362 | 0 | 342 | 8 | 12 | 5.524862 | 1.0000 |