Частичное множественное выравнивание: MEME и MAST

Поиск мотивов в белке MANB1_BACSU и среди его гомологов с помощью программы MEME

Программой MEME (ememe в пакете EMBOSS) среди последовательности исследуемого белка и 51 последовательности его гомологов из всех обнаруженных было отобрано и описано три мотива (табл.1):

№Число последова-тельностейДлина мотиваE-valueLOGO
1 30 18 4.0e-322
2 27 29 4.5e-290
3 33 29 1.4e-229
Табл.1 Результаты поиска мотивов среди исследумого белка и его гомологов с помощью сервиса MEME при стандартных настройках

Сравнение мотивов MEME и блоков из множественного выравнивания Muscle

Рис.1 Сравнение множественного выравнивания, выданным Muscle и блоков, найденнных программой MEME

Выравнивание блоков с помощью программы MEME в формате .jar ( ссылка )

Из изображения видно, что выравнивания по Muscle и по MEME для первого и третьего мотивов совпадают с высокой точностью. Единственное, что в первом мотиве Muscle вставил колонку гэпов из-за нескольких "плохих" последовательностей, представленных в выборке. Что касается второго мотива, то степень совпадения выравниваний заметно мала.

Поиск мотивов в других последовательностях программой MAST

Во всех 8 последовательностях, имевшихся в seed.fasta, нашлись искомые три мотива. В html-файле представлен результат поиска программой MAST. Выравнивание, взятое из Pfam, в полной мере соответствует найденныи мотивам.