Банк семейств белковых доменов Pfam

Доменная структура MANB1_BACSU

При помощи сервиса Pfam было выяснено, что исследуемый белок состоит из одного единственного домена, который описан в табл. 1:

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка MANB1_BACSU	Клан
PF02156	Glyco hydro 26	Семейство гликозид гидролаз, гидролизи-рующих гликозидную связь в маннанах и ксиланах	32 - 350	Клан Glyco hydro tim (CL0058), содержит 50 семейств

Табл.1 Доменная структура белка MANB1_BACSU по данным Pfam

Данные о домене Glyco hydro 26 исследуемого белка

Данный домен входит в 61 архитектуру. Для 834 белков, содержащих данный домен, известна последовательность. И для 5 разных белков определена пространственная pdb-структура

По моему мнению, выравнивание не подтверждает гомологичность домена из-за чрезвычайно низкой степени сходства последовательностей:

Рис.1 Выравнивание с помощью программы Jalview

Выравнивание с помощью сервиса Pfam

Описание распространённости и частоты встречаемости доменов среди различных организмов

Для описания требуется белок с двумя доменами, поэтому наш белок не подходит. Для этого возьмем маннозидазу бактерии Bacillus megaterium.

Архитектура маннозидазы Bacillus megaterium:

CBM - домен, найденны й в ферментах, связывающих углеводы. CBM_6 является бактериальной гликозид гидролазой, участвующей в гидролизе растительной клеточной стенки. На изображении архитектуры видно, что оба домена представлены не полностью.

Таксон		Количество белков с доменом PF03422	Количество белков с доменом PF02156
Эукариоты	Зеленые растения	1	1
	Грибы	22	32
	Животные	2	0
	Остальные эукариоты	3	1
Археи		7	4
Бактерии		428	412
Вирусы		0	0
Неклассифицированные последовательности		2	3
Всего		465	453

Табл.2 Представленность доменов PF03422 PF02156 в организмах разных таксонов

Из таблицы видно, что оба домена в большинстве предтавлены у бактерий, хотя небольшое количество из них характерно и для грибов.

Сравните описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro

Рис.2 Разметка всех мотивов в последовательности MANB1_BACSU( изображение в полном размере )

Самый короткий мотив называется Glycoside hydrolase, family 26, описанный в банке Prints. Самый же длинный называется Mannan endo-1,4-beta-mannosidase, он описан в банке PIRSF. В InterPro интегрированы две структурные подписи: Glycoside hydrolase, superfamily(IPR017853) и Glycoside hydrolase, catalytic domain(IPR013781). Структурный домен, представленный в Pfam, охватывает участок с 32 по 350 аминокислоты. А участки интегрированный с InterPro: с 28 по 336(IPR017853) и 29 по 352(IPR017853).