Встречаемость слова "CHAIN" в SwissProt
Данное слово состоит из однобуквенных названий аминоксилот. Необходимо предсказать теоретически сколько раз данное слово встречается в банке SwissProt. Для этого общее количество аминокислот во всех записях банка SwissProt помножим на произведение процентных долей данных остатков, представленных в виде десятичных дробей:
191670831*0,0406*0,0596*0,0227*0,0137*0,08251 = 11,90
Число встреч слова в банке определим с помощью сервиса PROSITE. Сервис нашел 10 последовательностей, содержащих данное слово.
Поиск гомологов при помощи паттернов
Выбрав из множественного выравнивания самый консервативный участок, были составлены сильный и слабый паттерны (см табл.1), по которым велся поиск вероятных гомологов исследуемого белка.
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последователь-ностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последователь-ности из вашего выравнивания найдены? (если нет, то сколько) |
|---|---|---|---|
| Сильный | [VIYLARTFE]-[PLARET]-[VIMEF]-[WALIY]-[FLYWI]-[RE]-[PLFN]-[FYLNGK]-[TEH]-E-[VMAPQLHFG]-X(0,7)-[ANEGSDTR]-[GASQ]-X-[WPRFY]-[FSYR] | 5 | 2 |
| Слабый | [VIMEF]-[WALIY]-[FLYWI]-R-[FPLN]-x-H-E | 91 | 2 |
Мотивы белка MANB1_BACSU
Для исследуемого белка с помощью сервиса PROSITE был проведен поиск мотивов. Результат поиска показал, что в последовательности белка отсутсвуют специфичный мотивы (табл.2):
| AC | Название | Краткое описание мотива | Тип подписи | Паттерн | Специфична ли подпись? | Кол-во мотивов в белке |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PS00004 | CAMP_PHOS-PHO_SITE | Сайт фосфорилирова-ния цАМФ- и цГТФ-зависимой протеинкиназы | паттерн | [RK](2)-x-[ST] | нет | 1 |
| PS00005 | PKC_PHOS-PHO_SITE | Сайт фосфорилирова-ния Протеинкиназы C | паттерн | [ST]-x-[RK] | нет | 1 |
| PS00001 | ASN_GLYCO-SYLATION | Сайт N-гликозилирования | паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | нет | 2 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристилирования | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | нет | 3 |
| PS00006 | CK2_PHOS-PHO_SITE | Сайт фосфорилирова-ния казеин киназы II | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | нет | 3 |
| PS00009 | AMIDATION | Сайт амидирования | паттерн | x-G-[RK]-[RK] | нет | 1 |