Поиск семейств белков при помощи PSI-BLAST
На этот раз исследуемым является белок Q65664. Этот белок принадлежит вирусу Brome mosaic virus (BMV), инфецирующий растения рода Bromus. В табл.1 представлены результаты, характеризующие находки PSI-BLAST после каждой из идущих друг за другом итераций:
| № | Число находок выше порога (0,005) | ID худшей находки выше порога | E-value этой находки | ID лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 6 | NP_658998.1 | 3e-53 | NP_041199.1 | 1e-132 |
| 2 | 6 | NP_658998.1 | 3e-53 | NP_041199.1 | 1e-132 |
Как видно из таблицы, результат стабилизировался уже после второй итерации на 6 найденных последовательностях. Множественное выравнивание со стандартным параметром "Fasta plus gaps" сервиса COBALT (Constraint-based Multiple Alignment Tool) приведено на рис.1:
Рис.1 Множественное выравнивание полученной выбоки гомологов
Выравнивание в формате .fasta: ( ссылка )
Степень сходства последовательностей довольно высока, что подтверждает гомолгию этих белков.