Исследуемый белок MANB1_BACSU имеет следующие особенности:
Signal - сигнальная последовательность -короткий N-концевой участок последовательности, которая направляет пробелок на внутреннюю мембрану бактерии для последующей секреции из клетки. Во время секреции белка отрезается мемранной сигнальной пептидазой.[1]
Сhain - последовательность, которая кодирует собственно сам фермент Маннан 1,4-β-маннозидазу.
Элементы вторичной структуры:
Helix - Альфа-спираль. Общее количество альфа-спиралей в белке: 14
Srtand - Бета-тяж. Вместе все бета-тяжи белка образуют один бета-лист. Общее количество бета-тяжей: 12
Turn - Бета-поворот. Образует изгиб в цепи белка. Всего в исследуемом белке бета-поворотов: 4
Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка MANB1_BACSU из Bacillus subtilis
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Кол-во находок |
|---|---|---|
| Маннан 1,4-бета-маннозидазная активность | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:Mannan*] & [swissprot-Description:endo-1,4-beta-mannosidase*])) | 4 |
| 1,4-бета-D маннано- гидролазная активность | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:1,4-beta-D-mannan*] & [swissprot-Description:mannanohydrolase*])) | 2 |
| Бета-маннаназная активность | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:Beta-mannanase*]) | 4 |
| Белок G, обеспечи-вающий потребление глюкоманнана | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Description:Glucomannan*] & [swissprot-Description:utilization*]) & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:G])) | 1 |
Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате (скачать).
Описание найденных белков в виде таблицы Excel (скачать).
Александр Нейфах
Научные интересы:А. Нейфах занимается поиском методов борьбы с устойчивостью бактерий к антибиотикам. Он и его коллеги впервые описали мембранный белок Bmr бактерии Bacillus subtilis, выкачивающий антибиотики из клетки (multidrug-efflux transporter), который собственно и делает бактерию устоийчивой к всякого рода антибиотикам. В последние 10 лет им удалось найти ингибиторы этих мембранных белков-транспортеров, они изучили целый комплекс белков, выкачивающий антибиотики из клетки бактерии Bacillus subtilis, и регуляцию их транскрипции.
С помощью запроса([swissprot-Authors:Neyfa??,A.A.*] > parent ) в SRS были найдены 6 записей, в которых автором первых публикаций является А.А. Нейфах.
Подробные результаты поиска приведены в таблице Excel (скачать).1.Пробелок (preprotein) - белок, в последующем секретируемый из клетки бактерии во внешнюю среду, до того как будет удалена сигнальная последовательность.[3]
2. Genes VIII. Benjamin Lewin et al. PROTEIN LOCALIZATION
2.8.21 Bacteria use both co-translational and post-translational translocation
3. Genes VIII. Benjamin Lewin et al. PROTEIN LOCALIZATION
2.8.3 Protein translocation may be post-translationalor co-translational