Сравнение белка MANB1_BACSU с его двумя ортологами
В качестве ортологов выбраны белок E0TTH7_BACPZ бактерии Bacillus subtilis subsp. spizizenii и F4EB33_BACAM бактерии Bacillus amyloliquefaciens TA208. Все три белка являются маннан эндо-1,4-маннозидазами.
Сравнение в виде таблицы Excel (скачать).
Сравнение последовательностей в формате pdf (скачать).
Число предполагаемых ортологов исследуемого белка в базах данных Swissprot и TrEMBL
Громоздким запросом "name:Mannan endo-1,4-beta-mannosidase OR name:1,4-beta-D-mannan mannanohydrolase OR name:Beta-mannanase; OR name:"Glucomannan utilization protein G" в поисковике Uniprot ,было найдено 700 белков. Из них 583 содержались в банке TrEMBL, а оставшиес 117 в банке Swiss-Prot. Такое существенное различие вызвано тем, что база данных TrEMBL атоматически транслирует последовательности из бакнов EMBL/GenBank/DDBJ, не проверется, а также оавтоматически аннотируется. А база данных Swiss-Prot курируется экспертами и, соответственно, проверяется, дополняется и аннотируется вручную, что занимает гораздо больше времени и средств.
Оперон
Оперон — функциональная единица генома у прокариот, в состав которой входят гены, кодирующие совместно или последовательно работающие белки и объединенные под одним или несколькими промоторами. Такая функциональная организация позволяет эффективнее регулировать экспрессию этих генов. Исследуемый оперон был выявлен методом Нозерн-блоттинга.
| Ген | Направление | Расстояние между соседями* | Продукт |
| gmuB | + | 176** | Олиго-α-маннозид фосфотрансфераза IIB |
| gmuA | + | 0 | Олиго-α-маннозид фосфотрансфераза IIA |
| gmuC | + | 19 | Олиго-α-маннозид фосфотрансфераза IIC |
| gmuD | + | 18 | Маннозид-фосфо-β-D-глюкозидаза |
| gmuR | + | 143 | Регулятор транскрипции |
| gmuE | + | 29 | Предполагаемая кабогидраткиназа |
| gmuF | + | -3 | Фосфогексомутаза |
| gmuG | + | -1 | Маннан 1,4-β-маннозидаза |
Ген, кодирующий исследуемый белок, gmuG находится в опероне gmuBACDREFG (glucomannan utilization operon):
Рис.1 Оперон gmuBACDREFG Bacillus subtilis. Первый ген gmuB начинается в позиции 626622 пар оснований последний ген gmuG заканчивается 633862 парой оснований.
Регуляция транскрипции
| Фактор транскрипции | Тип регуляции | Расположение относительно оперона |
| SigA | Промотор | -50:+10 |
| GmuR | Отрицательный | Не известно |
| CcpA | Отрицательный | Не известно |