Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, используя алгоритм megablast было определено, что данный фрагмент принадлежит бактерии Sulfolobus tokodaii.
В таблице 1 представлена информация о записи, выданной программой blastn с помощью алгоритма megablast:
AC |
BA000023.2 |
Координаты |
1145-1444 |
Что кодирует |
Гипотетический белок |
Поиск гомолога белка человека в слоне
Субъединица рецептора гамма-аминомасляной кислоты gamma3 с идентификатором в Swiss-Prot "GBRG3_HUMAN" имеет полипептидную последовательность длиной 467 аминокислотных остатков. С помощью сайта ENA были найдены гомологи этого белка в геноме африканского слона. В таблице 2 приведены параметры лучшей находки (нажмите для просмотра выравнивания):
E-value |
2E-150 |
Длина |
328 аа |
Identity(%) |
75 |
Координаты |
scaffold_1 [83636557-83723957] |
Количество интронов в гене |
6 |
Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST
Из генома бактерии Kocuria rhizophila была вырезана изолейциновая тРНК. Далее был произведен поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к порядку Actinomycetales. Поиск проводился тремя разными алгоритмами, результаты которых приведены в таблице 3:
Алгоритм |
Число находок с e-value < 0,001 |
megablast |
100 (больше не выдает) |
blastn с параметрами по умолчанию |
274 |
blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 |
250 |