Построение поверхности, раскраска участка поверхности с помошью PyMOL в структуре 1QQB
Для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК (PDB код: 1QQB) были создано изображение, демонстрирующее поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели (Рис. 1) и контакт белка с ДНК (Рис. 2).
Рисунок 1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера. Раскраска по цепям.
На рисунке 2 показаны поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.
Рисунок 2. Поверхность контакта димера репрессора с молекулой ДНК. Раскраска белков по цепям (красный и синий), ДНК - оранжевая спираль.
На рисунке 3 продемонстрированы поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
Рисунок 3.
A: Поверхность взаимодействия двойной спирали ДНК с димером репрессора на фоне проволочной модели самой спирали (sticks).
Раскраска белков по цепям (красный и синий), ДНК - оранжевая спираль. B-E: Поверность взаимодействия двойной спирали ДНК с димером репрессора
под разными ракурсами.
С помощью сервиса Clud в структуре 1QQB был произведён поиск гидрофобных кластеров.
Параметры поиска:
- Нижний порог по размеру кластера – 10
- Верхний порог по расстоянию – 5.4 Å
Результат поиска приведен на рисунке 4:
Рисунок 4.Изображение гидрофобных кластеров в структуре 1QQB.
Пользуясь информацией о кооридантах атомов гидрофобных кластеров для исследуемой структуры было построено изображение, демонстрирующие контакт гидрофобных участков мономеров белка между собой (Рис. 5):
Рисунок 5.Изображение гидрофобных кластеров (ярко красный) на поверхности контакта мономера белка с
симметричным мономером в структуре 1QQB.