Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam

Для работы была выбрана модель 4H4F, которая представляет собой структуру человеческого химотрипсина C. Фермент является мономером. Асимметрическая единица состоит из одной цепи (A).

Для структуры 4H4F был произведен поиск доменов в в Pfam, SCOPe, CATH и ECOD.

Таблица 1. Сравнение доменов SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam
База данных Найденные домены Границы доменов
Pfam PF00089 30-262
SCOPe d4h4fb 8-70
CATH 4h4fA01 30-268
ECOD e4h4fA1
e4h4fB1		 16-244
8-70

В CATH, ECOD и Pfam был найден основной каталитический домен фермента. Его границы почти полностью совпадают в Pfam и CATH. В ECOD и SCOPe найден другой, меньший по размеру домен, который соответствует ингибитору эглина C в пиявке Hirudo medicinalis.