Определение вторичной структуры цепи А модели 4FAZ
Для работы была выбрана модель фермента 4-оксалокротонат таутомеразы структуры 4FAZ.
Рисунок 1.Справа: асимметрическая единица струкуры 4FAZ. Справа: цепь А, окрашенная по вторичным структурам.
Для предсазания вторичной структуры на сервере kodomo была запущена программа DSSP с помощью скрипта:
mkdssp -i 4faz.pdb -o 4faz.dssp
Выдача программы: 4faz.dssp
Результаты предсказания вторичной структуры программой DSSP и сравнение с разметкой в PDB-файле приведены в таблице 1.
| Таблица 1. Результаты определения границ элементов вторичной структуры программой DSSP для цепи A структуры 4FAZ | ||
|---|---|---|
| Структура | PDB-запись | Выдача DSSP |
| HELIX |
||
| α-спираль | 12-32 | 13-31 |
| 310-спираль | 34-37 | 35-37 |
| 310-спираль | 46-39 | 47-40 |
| α-спираль | 57-62 | 57-61 |
| SHEET | ||
| β-тяж | 2-8 | 2-8 |
| β-тяж | 39-45 | 38-45 |
| β-тяж | 50-52 | 51-52 |
| β-тяж | 55-56 | 55-56 |
Построение карты β-листа
С помошью сервиса SheeP
была пострена карта одного из бета-листов в структуре белка 4FAZ (Рис. 1).
Рисунок 2.Карта β-листа для структуры 4FAZ.
Количество строк на карте равняется числу тяжей в β-листе, их 4. На рисунке 3 приведено изображение этого β-листа в структуре:
Рисунок 3.Структура 4FAZ. Красным цветом выделен выбранный β-лист.
Один столбец карты соответствует одному гребню β-листа. Поскольку желтые столбцы богаты гидрофобными остатками, то скорее всего соответствующие им гербни обращены к гидрофобного ядру белка. Чтобы удостоверится в этом, был выбран один из желтых столбцов (Рис. 4) и на рисунке 5 показано, что гребень, соответствующий этому выбранному столбцу, обращен в сторону гидрофобного ядра.
Рисунок 4.Столбец карты, находящийся в фокусе изображения, соответстует выбранному гребню β-листа.
Рисунок 5.Структура 4FAZ. Cα-атомы, соответствующие остаткам выбранного
гребня показаны в шаровой модели.
Программа Stride способна предсказывать элементы вторичной структуры, а также выдает список водородных связей. Для карты водородных связей был выбран следующий участок, состоящий из трех тяжей и четырех гребней:
Рисунок 6.Выбранный участок карты β-листа для структуры 4FAZ.
Этот участок был визуализирован в PyMOL:
Рисунок 7.Выбранный часток карты β-листа, визуализированный в PyMOL.
Из визуализации в PyMOL ыидно, что данная карта не содержит нерегулярностей (buldges). Была псоторена карта водородных связей (Рис. 8):
Рисунок 8.Карта водородных связей выбранного участка карты β-листа.