Рентгеноструктурный анализ

Примеры PDB файлов, асимметрическая единицы которых не совпадает с биологической единицей

Текст задания: различия ассиметрической и биологической единицы в PDB файле.

Ассиметрическая ячейка - это минимальная часть структуры из которой путем любых симметрий можно восстановить кристалл.
Биологическая единица - минимальная биологически функциональная часть белка.

Асимметричная единица меньше биологической

number of chains (Asymmetric Unit) = 1
number of chains (Biological Assembly) = 4

Пример структуры с такими характеристиками: 6JJS. Это трансфераза из Penicillium herquei. Биологическая единица этого белка - гомотетрамер (см рисунок 1.1, 2.1), ассиметрическая единица - мономер (см рисунок 1.2, 2.2).


Рисунок 1.1. Биологическая единица 6JJS.	Рисунок 1.2. Ассиметрическая единица 6JJS.

Рисунок 2.1. Биологическая единица 6JJS в PyMOL.	Рисунок 2.2. Ассиметрическая единица 6JJS в PyMOL.

Асимметричная единица больше биологической

number of chains (Asymmetric Unit) = 3
number of chains (Biological Assembly) = 1

Пример структуры с такими характеристиками: 6R2N. Это структура KlGlk1-глюкокиназы из Kluyveromyces lactis. Биологическая единица этого белка - мономер (см рисунок 3.1, 4.1), ассиметрическая единица - "гомотример" (см рисунок 3.2, 4.2). "Тримерность" белка в ассиметрической ячейке обусловлена, видимо, условиями его кристаллизации. Три одинаковые цепи белка в ячейке ориентрированы в пространстве немного по-разному.


Рисунок 3.1. Биологическая единица 6R2N.	Рисунок 3.2. Ассиметрическая единица 6R2N.

Рисунок 4.1. Биологическая единица 6R2N в PyMOL.	Рисунок 4.2. Ассиметрическая единица 6R2N в PyMOL.

Семестр 7