Выравнивания. Часть 4.

Отличия между выравниваниями.

Для выполнения практикума я взяла гомологичные (как было выяснено в практикуме 9) белки из разных организмов MotA_Ecoli, MotA_Bacsu. Для них было построено три выравнивания:

• глобальное парное выравнивание (needle);
• локальное парное выравнивание (water);
• множественное выравнивание (muscle) вместе с пятью гомологами с той же мнемоникой функции из других организмов с последующим удалением всех последовательностей, кроме нужных двух;

Видно, что первое и второе выравнивания полностью совпадают, за исключением нескольких крайних нуклеотидов, что логично: у гомологичных белков глобальное и локальное выравнивания должны совпадать по крайней мере в основной (неконцевой) части. Третье же выравнивание заметно отличается, в основном - предполагая индели в других местах. Думаю, первое выравнивание более правдоподобно хотя бы потому, что алгоритм, которым оно построено, отвечает цели "построить парное выравнивание гомологичных белков", мне кажется нелогичным предполагать, что добавление в выравнивание нескольких последовательностей (не самых близкородственных) сделает выравнивание более эволюционно правдоподобным: если бы такой трюк помогал, его бы использовали для построения парных выравниваний на регулярной основе.

Рассмотрим некоторые из найденных отличий:

• Отличие 1 (левая картинка): в первых двух выравниваниях К(лизину)-55 на первой цепи сопоставляется гэп на второй цепи, в третьем выравнивании этому K-55() сопоставлен К(лизин)-57, который в первых двух выравниваниях стоит напротив К-59 (по первой цепи).
• Отличие 2 (средняя картинка): последовательности LF (лейцин-фенилаланин) с координатами 74-75 по первой цепи в первом выравнивании соответсвуют LF с координатами 72-73, в третьем - тоже LF, но с координатами 76-77. Получается, что та консервативная колонка LF на общем выраванивании, которую мы видим, предполагает разную гомологию между цепями.
• Отличие 3 (правая картинка): в первых двух выравниваниях остатку А(аланин)-86 по второй цепи сопоставляется А(аланин)-89 по первой; в третьем выравнивании ему соответствует М(метионин)-86 по первой цепи.

Вернуться на главную

Вернуться на страницу семестра

© potapenko 2017-2018