| UniProt ID | UniProt AC | RefSeq ID | PDB ID | Длина | Молекулярная масса | Рекомендуемое название (RecName) |
| DAPAT_CHLTR | O84395 | NP_219900.1; WP_009871742.1 | 3ASA; 3ASB | 394 a.a. | 43841 Da | Full=LL-diaminopimelate aminotransferase, Short=DAP-aminotransferase |
Данный белок принадлежит организму Chlamydia trachomatis - облигатному внутриклеточному паразиту, вызывающему хламидиоз. Фермент относится к классу трансфераз (переносит аминогруппу); участвует в синтезе L-лизина, пептидогликанов и мезо-диаминопимелата. Может взаимодействовать с несколькими разными субстратами, для них известны кинетические данные: максимальные скорости реакции и константы Михаэлиса-Ментен.
Для белка есть две записи в PDB. Первая содержит последовательность белка за исключением последних 6 аминокислот (одна цепь, других нет); вторая содержит структуру вместе с кофактором (Pyridoxal phosphate), но имеет не такое хорошее разрешение (2.70 против 2.05 А). Обе записи были помещены в банк одновременно - видимо, они сделаны одной группой исследователей.
В кластере UniRef100_Q3KLW3 (последовательности с identity = 100%) содержатся только белки организмов того же вида; в остальных кластерах (identity >= 90% или 50% соответственно) много белков других видов рода Chlamydia, белки организмов из других родов не относятся к этим кластерам. Сравниваются последовательности длины 394, то есть вся последовательность белка.
Данный белок имеет три кратких рекоммендованных названия: DAP-AT, DAP-aminotransferase, LL-DAP-aminotransferase. Для первого поиска было использовано полное название, для остальных - DAP-aminotransferase.
| Тип поиска | Текст запроса | Белков всего | Белков из Swiss-Prot | Комментарий |
| Поиск по полному названию | name:"ll diaminopimelate aminotransferase" | 4144 | 103 | Большинство из эих белков имеют название кодирующего их гена одинаковое (dapL dapL_1, dapL_3...), а вот мнемоники функций часто отличаются. Интересно, что встречаются самые разные организмы: например, арабидопсис и сине-зеленые водоросли (Nostoc sp.). |
| Поиск по краткому названию | name:"dap aminotransferase" | 1886 | 102 | |
| Поиск по виду C. trachomatis | name:"dap aminotransferase" taxonomy:"chlamydia trachomatis strain d uw 3 cx" | 1 | 1 | Т.к. у белка нет других субъединиц, нашелся он один. |
| Поиск по семейству Chlamydiaceae | name:"dap aminotransferase" taxonomy:chlamydiaceae | 32 | 9 | |
| Поиск по отделу Chlamydiae | name:"dap aminotransferase" taxonomy:chlamydiae | 49 | 10 | |
| Поиск для гемоглобина по разным таксонам: | ||||
| По всем организмам | name:hemoglobin | 15908 | 948 | |
| Позвоночные | name:hemoglobin taxonomy:"Vertebrata [7742]" | 3121 | 825 | Соотношение Swiss-Prot/TrEMBL сильно увеличилось по сравнению с поиском по всем организмам: гемоглобин позвоночных "интереснее", поэтому подавляющее большинство аннотированых записей среди всех организмов относится к позвоночным. |
| Членистоногие | name:hemoglobin taxonomy:arthropoda | 767 | 0 | |
| Зелёные растения | name:hemoglobin taxonomy:viridiplantae | 267 | 25 | Это гемоглобиноподобные белки, содержащие в названии подстроку 'hemoglobin'. Например, у Арабидопсиса нашелся белок Two-on-two hemoglobin-3, обладающий необычной способностью связывать кислород и угарный газ вне зависимости от их концентрации. |
| Поиск для трипсина: | ||||
| Поиск по названию "трипсин" | name:trypsin | 20037 | 311 | Записей для трипсина (не ингибитора) всего 20037 - 4183 = 15854, аннотированных 311 - 210 = 101. |
| Поиск по названиям "трипсин" и "ингибитор" | name:trypsin name:inhibitor | 4183 | 210 | |
Вернуться на страницу семестра
© potapenko 2017-2018