| организм | Escherichia coli (K-12) | Chlamydia trachomatis (strain D/UW-3/Cx) |
| тип протеома | референсный | референсный |
| идентификатор протеома | up000000625 | up000000431 |
| число последовательностей | 4313 | 895 |
| число аминокислот | 1351622 | 312168 |
| Аминоксилота | % встречаемости для Chlamidia | % встречаемости для E.coli K-12 | разность % |
| L | 11,23 | 10,68 | 0,55 |
| S | 8,12 | 5,8 | 2,32 |
| A | 7,53 | 9,51 | -1,98 |
| E | 6,61 | 5,77 | 0,84 |
| I | 6,61 | 6,01 | 0,6 |
| V | 6,42 | 7,07 | -0,65 |
| G | 6,35 | 7,37 | -1,02 |
| K | 5,76 | 4,41 | 1,35 |
| T | 5,12 | 5,39 | -0,27 |
| R | 4,84 | 5,52 | -0,68 |
| F | 4,83 | 3,89 | 0,94 |
| D | 4,52 | 5,15 | -0,63 |
| P | 4,37 | 4,43 | -0,06 |
| Q | 4,19 | 4,44 | -0,25 |
| N | 3,5 | 3,94 | -0,44 |
| Y | 3,07 | 2,84 | 0,23 |
| H | 2,3 | 2,27 | 0,03 |
| M | 2,05 | 2,82 | -0,77 |
| C | 1,63 | 1,16 | 0,47 |
| W | 0,96 | 1,53 | -0,57 |
Самая редкая аминоксилота в обоих протеомах - U (селеноцистеин, в таблицу не включён): у кишечной палочки он встречается всего трижды, у хламидии не встречается вообще. Тройка самых редких аминокислот (за исключением селеноцистеина) у двух бактерий не совсем совпадает: для Chlamidia это триптофан, цистеин и метионин, причем самый редкий триптофан имеет частотность меньше процента; у E.coli триптофана в полтора раза больше, а самой редким остатком является цистеин, третьим самым редким является гистидин. Наиболее часто у обоих организмов встречается лейцин, в тройку наиболее распространенных также входят серин и аланин у Chlamidia, аланин и глицин у E.coli.
В целом же можно сказать, что различия по встречаемости всех остатков не превосходят 2.5%. Самая большая разница по встречаемости остатка в пользу E. coli наблюдается для аланина (–1.98%); а в обратную сторону – для серина (2.32%).
Ссылка на таблицу с рассчетами (откроется на google.drive.com)
Кроме того, использовался скрипт на Python для переведения таблицы из текстового формата в html.
Вернуться на страницу семестра
© potapenko 2017-2018