t3_pr1

Работа в MarvinScetch: фрагменты нуклеиновых кислот.

Упражнение 1.

Рисунок 1. 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат, уридин, псевдоуридин. Атомы сахаров и остатков азотистых оснований пронумерованы. Красным выделены атомы, связанные N-гликозидной связью.

Примечания:

В пседоуридине N-гликозидной связи нет, азотистое основание и сахар связаны через атомы углерода, поэтому псевдоуридин относят к С-гликозидам.
В MarvinSketch есть несколько способов подписать атомы. Для нумерации атомов азотистого основания (нештрихованные координаты) я использовала функцию map (позволяет присовить атому номер); для атомов сахара (штрихованные координаты) использовалась функция LabelEditor (позволяет переименовать атом, в том числе добавить к названию штрих). Также можно подписывать атомы, вставляя маленькие рамки для текста, но это не так удобно, если нужно потом двигать рисунок.
Чтобы окрасить связь в MarvinScetch, нужно выделить нужную связь, правой кнопкой мыши выбрать Format - Color - Choose color. Аналогично можно изменить цвет отдельного атома, в этом случае окрашивается не только атом, но и исходящие из него "полусвязи".

Упражнение 2.

Рисунок 2. Фрагмент двухцепочечной ДНК. Пунктиром обозначены водородные связи.

Файл с упражнениями 1, 2 можно найти в директории H:/term3/block1/pr1/nucl.mrv

Копия этого файла.

Вернуться на страницу семестра

Вернуться на главную