Протеомы и EMBOSS

Практикум 7: протеомы и EMBOSS

В данном практикуме проводился сравнительный анализ протеомов E. coli K12 и Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 с помощью программы пакета EMBOSS wordcount и Excel. Общие данные о протеомах представлены в таблице 1. Сравнительная характеристика дана в таблице 2. Три самых частых остатка протеома E. coli K12: L (лейцин) - 10,67 , A (аланин) - 9,51 , G (глицин) - 7,37 , для Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893: A (аланин) - 13,48 , L (лейцин) - 10,26 , G (глицин) - 9,48. Можно сделать вывод, что эти аминокислоты встречаются чаще всего в обоих рассматриваемых организмах. Три самых редких остатка протеома E. coli K12 (не считая U (селеноцистеин)): C (цистеин) - 1,16, W (триптофан) - 1,53 , H (гистидин) - 2,27 , для Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893: C (цистеин) - 0,81, W (триптофан) - 1,55 , M (метионин) - 1,7. Для обоих организмов самыми редкими являются остатки триптофана и цистеина. Самую большую разницу между процентными соотношениями в пользу Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 имеет A (аланина), в пользу E. coli K12 - I (изолейцин).

Таблица 1.Общая характеристика протеомов E. coli K12 и Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893

Характеристика	E. coli K12	Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893
Идентификатор	UP000000625	UP000000428
Число последовательностей	4306	7672
Число аминокислотных остатков	1356195	2869754

Таблица 2.Сравнительная характеристика протеомов E. coli K12 и Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893

Остаток	Процент остатка в протеоме E. coli K12	Процент остатка в протеоме S. avermitilis	Разность процентов
A	9,51	13,48	3,97
L	10,67	10,26	0,41
G	7,37	9,48	2,11
V	7,07	8,34	1,27
R	5,51	8	2,49
T	5,4	6,24	0,84
P	4,43	6,1	1,67
D	5,15	5,95	0,8
E	5,76	5,62	0,14
S	5,8	5,27	0,53
I	6,01	3,11	2,9
Q	4,44	2,86	1,58
F	3,89	2,72	1,17
H	2,27	2,38	0,11
K	4,41	2,23	2,18
Y	2,85	2,09	0,76
N	3,95	1,79	2,16
M	2,82	1,7	1,12
W	1,53	1,55	0,02
C	1,16	0,81	0,35
U	0,000221	0	0,000221