Визуализация молекул в JMol

На данной странице представлена визуализация молекулы белка альфа-галактозидазы Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893 , являющейся ферементом (гликозил-гидролазой), способной отщеплять, как правило с сохранением их оптической конфигурации, терминальные нередуцирующие остатки альфа-D-галактозы от альфа-D-галактозидов , в том числе от галактоолигосахаридов, галактоманнанов и галактолипидов. Их простейшими природными субстратами являются дисахарид мелибиоза и трисахарид раффиноза. [1]

Текст скрипта

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами азота и кислорода.

#	Имена атомов	Длина связи (A)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(348ASN)-O(345TRP)	2.92	101
2	N(345TRP)-O(341TRP)	3.06	114.1
3	N(346VAL)-O(343ASP)	3.11	107.2
Бета-тяжи
1	N(92ILE)-O(125TYR)	2.97	130.3
2	N(127LYS)-O(92ILE)	2.96	122.9
3	N(129ASP)-O(94SER)	2.84	118.3

С использованием полученных параметров можно найти средние значения длин и углов. В альфа-спиралях среднее значение длины связи равно 3.03, среднее значение угла - 107.4. В бета-тяжах среднее значение длины равно 2.92, среднее значение угла - 123.8.

Источники:

[1] https://ru.wikipedia.org/wiki/Альфа-галактозидаза