Занятие 4. Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

Выбор тРНК, которая была (скорее всего) использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка ILVC_ECOLI.

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка ILVC_ECOLI		Y
Соответствующий кодон в гене ilvC		5'-UAC-3'
Идеальный антикодон		5'-GUA-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка Y (если опираться на генетический код)?		2
Сколько тРНК для остатка Y аннотировано в геноме кишечной палочки?		3
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
	название гена	tyrV
	координаты гена в записи EMBL	1286467-1286551
	антикодон	5'-GUA-3'

Команда, использованная для поиска всех тирозиновых тРНК в геноме

grep anticodon.*Tyr ecoli.embl > Protocol   

Результаты поиска

 
FT                   /anticodon=(pos:1286515..1286517,aa:Tyr)
FT                   /anticodon=(pos:1286809..1286811,aa:Tyr)
FT                   /anticodon=(pos:4173529..4173531,aa:Tyr)
  

Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии Pyrococcus furiosus

Поиск в геноме Pyrococcus furiosus последовательностей, сходных с тирозиновой тРНК E.coli

Программа		FastA	BLASTN	MegaBLAST	Discontigous MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001		0	0	0	0
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	0.0013	1.7	-	-
	Номер сектора генома	32	98	-	-
	AC соответствующей записи EMBL	AE010157	AE010223	-	-
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	518-697	1500-1512	-	-
Аннотация лучшей находки по EMBL		tRNA-Leu	putative carbamoyl transferase	-	-

Команды:

formatdb -i pf_genome.fasta -n Pf -p f
blastall -p blastn -d Pf -i trna.fasta -o restrna1
fasta35 trna.fasta pf_genome.fasta 6
megablast -d Pf -i trna.fasta -o restrna3 -D 2 -W 14
megablast -d Pf -i trna.fasta -o restrna3 -D 2
megablast -d Pf -i trna.fasta -o restrna4 -D 2  -W 11 -t 16 -N 1

Для Megablast и discognitious Megablast я менял параметры W и t, но поиск ничего не дал

Назад

На главную

© Поздышев Д.