Таблица заполнялась, исходя из данных, полученных с помощью RasMol
| A-форма | B-форма | Файл dnaN.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | правая |
| Шаг спирали | 28.02 | 33.75 | 29.27 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 11 |
| Ширина большой бороздки | 7.984(С4А.Р-Т23В.Р) | 17.211(G21B.P-G9A.P) | 12.928 (С5В.Р-С13А.Р) |
| Ширина малой бороздки | 16.810(Т27В.Р-С8А.Р) | 11.694(А30В.Р-Т7А.Р) | 17.608(G23A.P-C5B.P) |
Исходя из результатов, ширина малой бороздки в А-форме больше, чем ширина большой бороздки. В В-форме наоборот. Участок ДНК 19dna.pdb больше похож на A-форму (c торца структура имеет "отверстие", число оснований на виток, шаг спирали и относительная ширина малой и большой бороздок-как в регулярной ДНК А-формы).
dna19
Note: alpha: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
beta: P-O5'-C5'-C4'
gamma: O5'-C5'-C4'-C3'
delta: C5'-C4'-C3'-O3'
epsilon: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
zeta: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
chi for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
chi for purines(R): O4'-C1'-N9-C4
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 C --- --- 62.1 83.9 -150.9 -65.9 -161.6
2 U -77.1 -172.2 45.6 81.1 -153.2 -68.4 -152.5
3 U -66.9 178.7 47.6 80.0 -152.1 -73.0 -155.9
4 G -57.4 170.9 53.3 81.5 -163.9 -64.9 -161.6
5 C -69.7 -174.3 49.1 80.1 -155.4 -63.7 -162.0
6 U -69.5 -174.2 48.5 79.2 -157.6 -63.2 -147.2
7 G -59.4 175.8 45.1 77.6 --- --- -151.0
8 G --- -149.0 55.8 80.7 -155.6 -64.9 -174.0
9 G -71.7 -162.3 52.8 82.9 -143.7 -77.2 -173.4
10 U -66.4 176.8 48.4 79.8 -152.1 -69.5 -156.9
11 G -59.1 171.1 52.5 78.7 -164.8 -67.5 -162.0
12 C -66.3 -176.5 49.3 80.9 -159.4 -66.4 -158.5
13 A -65.6 176.6 52.1 80.8 -156.3 -71.1 -157.8
14 C -59.1 168.9 54.7 80.2 -156.1 -76.4 -160.1
15 A -58.1 169.9 54.4 84.0 -156.4 -61.4 -159.6
16 C -68.0 174.9 52.2 81.4 -150.2 -76.3 -160.0
17 A -66.0 175.6 47.6 81.4 -149.7 -76.7 -155.1
18 G -55.5 162.4 52.8 78.6 -152.1 -67.8 -161.5
19 C -62.4 172.6 57.2 83.4 -157.2 -70.9 -154.8
20 A -73.2 -177.6 52.0 79.0 -153.1 -76.3 -153.9
21 A -71.2 173.8 55.4 81.1 -150.4 -67.5 -151.9
22 G -68.2 173.2 55.5 75.9 --- --- -155.8
среднее -65.64 58.81 52 80.55 -154,51 -69,45 -158,5
Strand II
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G -57.2 173.5 52.9 73.2 --- --- -165.0
2 A -65.3 173.8 49.4 79.2 -155.2 -69.1 -157.7
3 A -66.2 -173.7 48.6 81.8 -150.3 -70.9 -159.9
4 C -65.8 162.6 59.6 80.6 -158.8 -67.5 -162.6
5 G -75.1 177.5 54.5 81.3 -140.2 -77.4 -161.2
6 A -75.6 -173.1 52.8 82.3 -162.3 -68.8 -150.7
7 C -52.8 159.2 51.9 80.8 -159.2 -69.1 -154.7
8 A -65.7 177.7 54.6 81.7 -141.9 -78.1 -163.4
9 C -62.0 170.1 51.6 80.4 -159.3 -69.1 -158.4
10 A -66.2 178.6 50.4 80.5 -153.7 -71.1 -156.7
11 C -59.2 165.2 57.1 81.4 -157.1 -71.9 -162.3
12 G -69.5 -178.3 51.5 81.2 -157.6 -72.5 -158.2
13 U -62.9 -176.9 45.0 80.8 -161.8 -64.7 -160.1
14 G -69.4 -162.7 51.1 83.5 -149.4 -71.4 -172.9
15 G --- -128.4 41.9 68.0 -156.8 -52.5 -159.5
16 G -78.6 -176.6 52.5 80.3 --- --- -147.1
17 U -68.9 -176.2 48.6 81.3 -156.4 -65.7 -152.1
18 C -65.2 178.3 51.9 81.2 -156.0 -66.9 -160.9
19 G -68.6 161.0 69.0 80.2 -158.7 -75.0 -171.5
20 U -68.6 166.8 56.9 80.0 -147.9 -70.5 -156.2
21 U -78.2 -170.3 51.9 81.6 -149.1 -72.3 -160.8
22 C --- --- 68.3 83.0 -159.7 -66.2 -160.0
среднее -67.05 25,15 53,27 80,2 -154,57 -69,5 -159,63
А-форма
Strand I
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
2 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
3 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
4 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
5 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
6 A -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.1 -157.2
7 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
8 C -51.7 174.8 41.7 79.0 -147.8 -75.0 -157.2
9 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
10 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
11 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
12 C -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.7 -75.1 -157.2
13 G -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
14 A -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
15 T -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
16 C -51.7 174.8 41.7 79.1 --- --- -157.2
B-форма
Strand I base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi 1 G --- 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 2 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 3 T -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9 4 C -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 5 G -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 6 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 7 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 8 C -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -97.9 9 G -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 10 A -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 11 T -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 12 C -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 13 G -29.9 136.3 31.1 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 14 A -29.9 136.4 31.1 143.4 -140.8 -160.5 -98.0 15 T -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 16 C -29.9 136.4 31.1 143.4 --- --- -98.0Торсионные углы структуры dna19 нерегулярны (разница до 36 градусов), в то время как у полученных А и В форм разнятся не более, чем на 1/10 градуса. Не ясно, почему некоторые значения углов для dna19 не приведены. Из другой иформации, полученной из dna19.out, интересно, что программа нашла две не канонических пары оснований; еще она классифицирует каждую пару оснований как А-форму; широты малых (14.7-18.7) и больших бороздок (10.1-14.5) в структуре также нерегулярны (для полученных A и B-форм они постоянны для любых пар нуклеотидов); конформация дезоксирибозы постоянна (С3'-endo); радиус спирали не постоянен.
dna19
(Получить вид с торца не удалось)
A-форма
B-форма
