Занятие 3. Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

Этапы работы:

1. Программой fseqboot создано 100 бутстреп-реплик выравнивания:

   fseqboot ALL.fasta -auto

2. Полученные 100 выравниваний подаем на вход программе fdnaml:
   fdnaml all.fseqboot -ttratio 1 -auto
   В выходном файле all.treefile - 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.
   
   
3. Программа fconsense подает на выход файл all.fconsense с результатами бутстреп-анализа. Консенсусное дерево совпадает по топологии с реальным. Бутстреп-значения внутренних ветвей дерева (консенсусного, а значит и реального, в моем случае) очень высоки (говорить о "достоверности" ветки можно уже при значениях >70%). Бутстреп-значения внутренних ветвей, не вошедших в консенсусное дерево, малы.
   ВЫВОД: Бутстреп-метод позволяет оценить реконструкцию эволюции, полученную методом максимального правдоподобия, как очень достоверную, что верно, потому что именно так мы эволюцию гена и моделировали (достоверную в рамках эволюционной модели, когда ttratio=1 и гипотеза молекулярных часов верна).

Изображение филогенетического дерева в графическом формате



Неподписанный лист - последовательность А. Программа fdrawtree построила бескорневое дерево по скобочной формуле (причем формула была укорененного дерева).