PAL2NAL output

#------------------------------------------------------------------------#
#  WARNING: ILVC_ECOLI pepAlnPos 1: M does not correspond to atg
#  WARNING: ILVC_ECOLI pepAlnPos 251: E does not correspond to aaa
#------------------------------------------------------------------------#

              M   A   N   Y   F   N   T   L   N   L   R   Q   Q   L   A   Q   L   G   K   C
ILVC_ECOLI    atg gct aac tac ttc aat aca ctg aat ctg cgc cag cag ctg gca cag ctg ggc aaa tgt
              M   A   N   Y   F   N   T   L   N   L   R   Q   Q   L   A   Q   L   G   K   C
ILVC_YERPA    atg gct aac tat ttc aac aca ttg aac ctg cgt cag cag ttg gcg caa tta ggt aag tgt

              R   F   M   G   R   D   E   F   A   D   G   A   S   Y   L   Q   G   K   K   V
ILVC_ECOLI    cgc ttt atg ggc cgc gat gaa ttc gcc gat ggc gcg agc tac ctt cag ggt aaa aaa gta
              R   F   M   A   R   D   E   F   A   D   E   A   G   Y   L   K   G   K   K   V
ILVC_YERPA    cgc ttt atg gca cgt gac gaa ttt gcc gat gaa gcc ggc tac ctg aaa ggc aaa aaa gtg

              V   I   V   G   C   G   A   Q   G   L   N   Q   G   L   N   M   R   D   S   G
ILVC_ECOLI    gtc atc gtc ggc tgt ggc gca cag ggt ctg aac cag ggc ctg aac atg cgt gat tct ggt
              V   I   V   G   C   G   A   Q   G   L   N   Q   G   L   N   M   R   D   S   G
ILVC_YERPA    gtg att gtc ggt tgt ggc gca cag ggc ctg aac caa ggg ttg aac atg cgt gac tcc ggc

              L   D   I   S   Y   A   L   R   K   E   A   I   A   E   K   R   A   S   W   R
ILVC_ECOLI    ctc gat atc tcc tac gct ctg cgt aaa gaa gcg att gcc gag aag cgc gcg tcc tgg cgt
              L   D   V   A   Y   A   L   R   K   E   A   I   A   E   K   R   A   S   W   R
ILVC_YERPA    ctg gat gtc gct tat gcc ctg cgt aaa gaa gcg att gcc gag aag cgt gct tca tgg cgt

              K   A   T   E   N   G   F   K   V   G   T   Y   E   E   L   I   P   Q   A   D
ILVC_ECOLI    aaa gcg acc gaa aat ggt ttt aaa gtg ggt act tac gaa gaa ctg atc cca cag gcg gat
              K   A   T   E   N   G   F   K   V   G   T   Y   E   E   L   I   P   Q   A   D
ILVC_YERPA    aaa gcg acc gaa aat ggt ttc aaa gta ggc act tac gaa gag ttg atc cca cag gcg gat

              L   V   I   N   L   T   P   D   K   Q   H   S   D   V   V   R   T   V   Q   P
ILVC_ECOLI    ctg gtg att aac ctg acg ccg gac aag cag cac tct gat gta gtg cgc acc gta cag cca
              L   V   V   N   L   T   P   D   K   Q   H   S   A   V   V   K   A   V   Q   P
ILVC_YERPA    ctg gtg gtt aac ctg acg cca gac aag cag cac tct gcc gtg gtt aag gcg gtt cag cct

              L   M   K   D   G   A   A   L   G   Y   S   H   G   F   N   I   V   E   V   G
ILVC_ECOLI    ctg atg aaa gac ggc gcg gcg ctg ggc tac tcg cac ggt ttc aac atc gtc gaa gtg ggc
              L   M   K   E   G   A   A   L   G   Y   S   H   G   F   N   I   V   E   V   G
ILVC_YERPA    ctg atg aaa gag ggc gca gca ctg ggt tac tcg cat ggt ttc aac att gtt gaa gtg ggt

              E   Q   I   R   K   D   I   T   V   V   M   V   A   P   K   C   P   G   T   E
ILVC_ECOLI    gag cag atc cgt aaa gat atc acc gta gtg atg gtt gcg ccg aaa tgc cca ggc acc gaa
              E   Q   V   R   K   D   I   T   V   V   M   V   A   P   K   C   P   G   T   E
ILVC_YERPA    gag caa gtg cgt aaa gac atc acc gtg gtg atg gtt gcg ccg aaa tgc cct ggt acc gaa

              V   R   E   E   Y   K   R   G   F   G   V   P   T   L   I   A   V   H   P   E
ILVC_ECOLI    gtg cgt gaa gag tac aaa cgt ggg ttc ggc gta ccg acg ctg att gcc gtt cac ccg gaa
              V   R   E   E   Y   K   R   G   F   G   V   P   T   L   I   A   V   H   P   E
ILVC_YERPA    gtt cgt gaa gag tac aaa cgt ggt ttt ggt gtg ccg acg ctg att gcg gtt cat cca gaa

              N   D   P   K   G   E   G   M   A   I   A   K   A   W   A   A   A   T   G   G
ILVC_ECOLI    aac gat ccg aaa ggc gaa ggc atg gcg att gcc aaa gcc tgg gcg gct gca acc ggt ggt
              N   D   P   K   G   E   G   M   A   I   A   K   A   W   A   A   A   T   G   G
ILVC_YERPA    aac gac cct aaa ggc gaa ggc atg gcg att gct aaa gcc tgg gcc gcg gcc acc ggt ggt

              H   R   A   G   V   L   E   S   S   F   V   A   E   V   K   S   D   L   M   G
ILVC_ECOLI    cac cgt gcg ggt gtg ctg gaa tcg tcc ttc gtt gcg gaa gtg aaa tct gac ctg atg ggc
              H   R   A   G   V   L   E   F   S   F   V   A   E   V   K   S   D   L   M   G
ILVC_YERPA    cac cgt gcg ggt gta ctg gaa ttt tct ttt gtt gcc gaa gtg aaa tct gac ctg atg ggc

              E   Q   T   I   L   C   G   M   L   Q   A   G   S   L   L   C   F   D   K   L
ILVC_ECOLI    gag caa acc atc ctg tgc ggt atg ttg cag gct ggc tct ctg ctg tgc ttc gac aag ctg
              E   Q   T   I   L   C   G   M   L   Q   A   G   S   L   L   C   F   D   K   L
ILVC_YERPA    gag caa act atc ctg tgt ggt atg ttg cag gcg ggt tca ctg tta tgt ttc gac aag ttg

              V   E   E   G   T   D   P   A   Y   A   E   K   L   I   Q   F   G   W   E   T
ILVC_ECOLI    gtg gaa gaa ggt acc gat cca gca tac gcg aaa aaa ctg att cag ttc ggt tgg gaa acc
              V   S   E   G   T   D   A   A   Y   A   E   K   L   I   Q   F   G   W   E   T
ILVC_YERPA    gtt tca gag ggt act gat gcc gct tac gct gaa aaa ctg att caa ttc ggc tgg gaa acc

              I   T   E   A   L   K   Q   G   G   I   T   L   M   M   D   R   L   S   N   P
ILVC_ECOLI    atc acc gaa gca ctg aaa cag ggc ggc atc acc ctg atg atg gac cgt ctc tct aac ccg
              I   T   E   A   L   K   Q   G   G   I   T   L   M   M   D   R   L   S   N   P
ILVC_YERPA    att acc gaa gcg ctg aaa caa ggc ggg atc acg ctg atg atg gac cgt ttg tct aat cca

              A   K   L   R   A   Y   A   L   S   E   Q   L   K   E   I   M   A   P   L   F
ILVC_ECOLI    gcg aaa ctg cgt gct tat gcg ctt tct gaa cag ctg aaa gag atc atg gca ccc ctg ttc
              A   K   L   R   A   Y   A   L   S   E   Q   L   K   E   I   M   A   P   L   F
ILVC_YERPA    gca aaa ctg cgt gcg tat gca tta tct gaa cag ttg aaa gaa att atg gcg cca ttg ttc

              Q   K   H   M   D   D   I   I   S   G   E   F   S   S   G   M   M   A   D   W
ILVC_ECOLI    cag aaa cat atg gac gac atc atc tcc ggc gaa ttc tct tcc ggt atg atg gcg gac tgg
              Q   K   H   M   D   D   I   I   S   G   A   F   S   S   G   M   M   A   D   W
ILVC_YERPA    cag aaa cac atg gac gac att att tct ggt gcg ttc tcc agc ggc atg atg gct gac tgg

              A   N   D   D   K   K   L   L   T   W   R   E   E   T   G   K   T   A   F   E
ILVC_ECOLI    gcc aac gat gat aag aaa ctg ctg acc tgg cgt gaa gag acc ggc aaa acc gcg ttt gaa
              A   N   D   D   V   K   L   L   N   W   R   E   E   T   G   R   T   A   F   E
ILVC_YERPA    gct aac gat gac gtt aag ttg ttg aac tgg cgt gaa gag acc ggc aga acg gct ttt gaa

              T   A   P   Q   Y   E   G   K   I   G   E   Q   E   Y   F   D   K   G   V   L
ILVC_ECOLI    acc gcg ccg cag tat gaa ggc aaa atc ggc gag cag gag tac ttc gat aaa ggc gta ctg
              N   A   P   Q   F   E   G   K   I   S   E   Q   E   Y   F   D   H   G   V   L
ILVC_YERPA    aat gcg cca cag ttt gaa ggc aag atc tct gag cag gaa tat ttt gac cac ggc gta ctg

              M   I   A   M   V   K   A   G   V   E   L   A   F   E   T   M   V   D   S   G
ILVC_ECOLI    atg att gcg atg gtg aaa gcg ggc gtt gaa ctg gcg ttc gaa acc atg gtc gat tcc ggc
              M   I   A   M   V   K   A   G   V   E   L   A   F   E   T   M   V   D   S   G
ILVC_YERPA    atg atc gcg atg gta aaa gcg gga gtt gag ctg gca ttc gaa acc atg gtg gat tcc ggc

              I   I   E   E   S   A   Y   Y   E   S   L   H   E   L   P   L   I   A   N   T
ILVC_ECOLI    atc att gaa gag tct gca tat tat gaa tca ctg cac gag ctg ccg ctg att gcc aac acc
              I   I   E   E   S   A   Y   Y   E   S   L   H   E   L   P   L   I   A   N   T
ILVC_YERPA    att att gaa gag tct gct tac tac gaa tct ctg cac gag ctg ccg ttg att gcc aac act

              I   A   R   K   R   L   Y   E   M   N   V   V   I   S   D   T   A   E   Y   G
ILVC_ECOLI    atc gcc cgt aag cgt ctg tac gaa atg aac gtg gtt atc tct gat acc gct gag tac ggt
              I   A   R   K   R   L   Y   E   M   N   V   V   I   S   D   T   A   E   Y   G
ILVC_YERPA    atc gcc cgt aag cgt ctg tat gaa atg aac gtg gtt atc tct gat acc gca gaa tac ggt

              N   Y   L   F   S   Y   A   C   V   P   L   L   K   P   -   F   M   A   E   L
ILVC_ECOLI    aac tat ctg ttc tct tac gct tgt gtg ccg ttg ctg aaa ccg --- ttt atg gca gag ctg
              N   Y   L   F   A   N   A   A   V   P   L   L   K   E   K   F   M   D   S   L
ILVC_YERPA    aac tac ttg ttt gct aat gca gcg gtg ccg ttg ctg aaa gag aag ttt atg gat tcc ctg

              Q   P   G   D   L   G   K   A   I   P   E   G   A   V   D   N   G   Q   L   R
ILVC_ECOLI    caa ccg ggc gac ctg ggt aaa gct att ccg gaa ggc gcg gta gat aac ggg caa ctg cgt
              Q   A   G   D   L   G   K   S   I   P   G   S   A   V   D   N   A   Q   L   R
ILVC_YERPA    caa gcc ggt gac ttg ggt aaa agt atc cct ggt tcg gcg gta gat aac gca caa ctg cgt

              D   V   N   E   A   I   R   S   H   A   I   E   Q   V   G   K   K   L   R   G
ILVC_ECOLI    gat gtg aac gaa gcg att cgc agc cat gcg att gag cag gta ggt aag aaa ctg cgc ggc
              D   V   N   E   A   I   R   N   H   P   I   E   A   V   G   H   K   L   R   G
ILVC_YERPA    gat gtg aat gaa gcc att cgc aat cac ccg atc gaa gcc gtt ggt cat aag ctg cgt ggt

              Y   M   T   D   M   K   R   I   A   V   A   G
ILVC_ECOLI    tat atg aca gat atg aaa cgt att gct gtt gcg ggt
              Y   M   T   D   M   K   R   I   A   V   A   G
ILVC_YERPA    tac atg aca gat atg aag cgt att gct gtt gcg ggc