Главная


Практикум №2: "Реконструкция филогении"



Тасономия выбранных бактерий.

Название бактерииМнемоникаТаксон
Bradyrhizobium diazoefficiensBRADUcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium; Bradyrhizobium diazoefficiens
Rhizobium etliRHIECcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium; Rhizobium etli
Rhodobacter sphaeroidesRHOS4cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Rhodobacter; Rhodobacter sphaeroides
Ralstonia pickettiiRALPJcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia; Ralstonia pickettii
Neisseria meningitidisNEIMAcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria; Neisseria meningitidis
Yersinia pestisYERPEcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex;Yersinia pestis
Haemophilus influenzaeHAEINcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus; Haemophilus influenzae
Pasteurella multocidaPASMUcellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella; Pasteurella multocida


Нетривиальные ветви и таксоны:
  • (BRADU, RHIEC) против (RHOS4, RALPJ, NEIMA, YERPE, HAEIN, PASMU) - порядок Rhizobiales;
  • (BRADU, RHIEC, RHOS4) против (RALPJ, NEIMA, YERPE, HAEIN, PASMU) - класс Alphaproteobacteria
  • (RALPJ, NEIMA) против (BRADU, RHIEС, RHOS4, YERPE, HAEIN, PASMU) - класс Betaproteobacteria
  • (PASMU, HAEIN) против (BRADU, RHIEC, RHOS4, RALPJ, NEIMA, YERPE) - семейство Pasteurellaceae
  • (PASMU, HAEIN, YERPE) против (BRADU, RHIEC, RHOS4, RALPJ, NEIMA) - класс Gammaproteobacteria

    Так же для наглядности данные таксоны показаны на соответствующих ветвях филогенетического дерева (Рис. 1)

    Рис. 1. Изображение дерева.

    Укоренение и бутстрэп



    дерево, построенное при выполнении задания 4 предыдущего занятия (методом Neighbor-Joining using % identity) из выравнивания последовательностей белка енолазы (ENO) для выбранных бактерий - неукоренено (Рис. 2)

    Рис. 2. Неукоренённое дерево, построенно в JalView (Neighbor-Joining using % identity).

    Далее с помощью программы retree пакета PHYLIP было произведено укоренение данного дерева в среднюю точку (находят два листа, расположенные на наибольшем расстоянии и берут середину этого расстояния).

    Рис.3. Укоренённое дерево (retree пакета PHYLIP).

    Укоренение произошло в ветвь: (PASMU, HAEIN, YERPE) против (BRADU, RHIEC, RHOS4, RALPJ, NEIMA), в отличие от "правильного дерева", в котором укорениение произошло в ветвь: (BRADU, RHIEC, RHOS4) против (RALPJ, NEIMA, YERPE, HAEIN, PASMU) (Рис. 1)