Лучшая находка - белок UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (тот же фермент, что и наш) из Carboxydothermus hydrogenoformans (E-value: 6.6e-81).
Показатели выравнивания неплохие (Рис. 2) - хорошеее маленькое E-value, большой score, хорошая длина. Однако идентичных позиций не много (44%).
Организм, к которому принадлежит лучшая находка - Carboxydothermus hydrogenoformans - термофильная анаэробная бактерия грамположительная, в то время, как бактерия, которой принадлежит наш белок - грамотрицтельная и представляет другой класс. То есть различия между организмами приличные.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q3AFM0 (GLMU_CARHZ) | ||||
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0009103 | lipopolysaccharide biosynthetic process | Химические реакции и метаболические пути, приводящие к образованию липополисахаридов, структурных компонентов внешней мембраны грамотрицательных бактерий | ISS |
| Биологический процесс (Biological process) | GO:0009252 | peptidoglycan biosynthetic process | Химические реакции и метаболические пути, приводящие к образованию пептидогликанов - класса углевод-белковых полимеров, найденных в клеточных стенках бактерий | ISS |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0003977 | UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity | Катализ следующей реакции: N-ацетил-альфа-D-глюкозамин-1-фосфат + UTP = дифосфат + UDP-N-ацетил-альфа-D-глюкозамин | ISS |
Из всех кодов достоверности в таблице 1 есть только ISS.
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1. | ||
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Данный код присваивается в случае, когда аннотация выполнена вручную, "человек просмотрел", присваивается, когда подтверждён несколькими различными методами. |
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0003977 (UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity, UDP-N-ацетилглюкозаминдифосфорилазная активность) | |
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0003977 |
| Название (Name) | UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity (UDP-N-ацетилглюкозаминдифосфорилазная активность) |
| Аспект онтологии (Ontology) | molecular_function (функция на молекулярном уровне) |
| Синонимы (Synonyms) | GlmU uridylyltransferase activity (GlmU-уридилтрансферазная активность)
N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase activity (N-ацетилглюкозамин-1-фосфат уридилтрансферазная активность) UDP-GlcNAc pyrophosphorylase activity (UDP-N-ацетилглюкозаминпирофосфорилазная активность) UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase activity (UDP-N-ацетилглюкозаминпирофосфорилазная активность) UDP-acetylglucosamine pyrophosphorylase activity (UDP-ацетилглюкозаминпирофосфорилазная активность) acetylglucosamine 1-phosphate uridylyltransferase (ацетилглюкозамин-1-фосфат уридилтрансфераза) |
| Определение (Definition) | Катализ следующей реакции: N-ацетил-альфа-D-глюкозамин-1-фосфат + UTP = дифосфат + UDP-N-ацетил-альфа-D-глюкозамин |
| Комментарий (Comment) | Нет |
| Число родителей (из них - логически определенных) | 8(1) |
| Число потомков (из них - логически определенных) | 0(0) |
Затем я перешёл на вкладку Graph View, где представлен граф отношений термина с родителями (Рис. 3). Внизу графа - термин. Сверху - главный родитель. Интересно, что граф раздваивается и сверху два! аспекта онтолигии: кроме ожидаемого аспекта molecular_function есть ещё один - biological process. в месте отделения ветви, заканчивающейся биологическим процессом, наблюдается единственное отношение, которое не принадлежит "is a" - "part of". Видно, что граф довольно простой, ответвлений почти нет, всего 8 родителей, только один из которых прямой. От термина к аспекту онтологии наблюдается переход от частного к общему, что логично.
© Павел Волик
Факультет биоинженерии и биоинформатики, МГУ